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- PDB-7rid: Griffithsin variant Y28A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rid
タイトルGriffithsin variant Y28A
要素Griffithsin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / complex / mannose binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Griffithsia sp. (真核生物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhao, G. / Sun, J. / Bewley, C.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: C 3 -Symmetric Aromatic Core of Griffithsin Is Essential for Potent Anti-HIV Activity.
著者: Sun, J. / Zhao, G. / Bylund, T. / Lee, M. / Adibhatla, S. / Kwong, P.D. / Chuang, G.Y. / Rawi, R. / Bewley, C.A.
履歴
登録2021年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Griffithsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7261
ポリマ－14,7261
非ポリマー00
水905
1
A: Griffithsin

A: Griffithsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4522
ポリマ－29,4522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.113, 79.113, 119.814
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

HOH

21A-205-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Griffithsin / GRFT


分子量: 14726.003 Da / 分子数: 1 / 変異: Y28A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Griffithsia sp. (strain Q66D336) (真核生物)
株: Q66D336 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84801
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-tris, pH 6.5 0.2 M calcium chloride dihydrate 45% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 10413 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique obs: 511

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GUC

2guc


解像度: 2.3→25.31 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 100 / 位相誤差: 12.3684
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1639 1039 10 %
Rwork0.1523 9351 -
obs0.1604 10390 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 7.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数813 0 0 5 818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71961120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0903122
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.34 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1741 162 -
Rwork0.174 1453 -
obs--89.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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