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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ria | ||||||
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タイトル | Griffithsin variant Y28A/Y68A/Y110A | ||||||
![]() | Griffithsin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / mannose binding protein / HIV inhibitor / C3 pseudosymmetry / carbohydrate binding sites | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, G. / Sun, J. / Bewley, C.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: C 3 -Symmetric Aromatic Core of Griffithsin Is Essential for Potent Anti-HIV Activity. 著者: Sun, J. / Zhao, G. / Bylund, T. / Lee, M. / Adibhatla, S. / Kwong, P.D. / Chuang, G.Y. / Rawi, R. / Bewley, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14541.808 Da / 分子数: 2 / 変異: Y28A, Y68A, Y110A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Q66D336 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-MAN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.04 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M bis-tris buffer, pH 5.5, 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→27.27 Å / Num. obs: 20321 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.086 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 905 / % possible all: 90.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GUC 解像度: 1.8→27.27 Å / SU ML: 0.2148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.4995 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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