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- PDB-7rho: Human IgG1 Fc fragment, hinge-free, expressed in E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rho
タイトルHuman IgG1 Fc fragment, hinge-free, expressed in E. coli
要素Fc fragment of human IgG1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin Fc fragment / E. coli / bacterial expression / aglycosylated
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein DKFZp686C11235
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gallagher, D.T.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2023
タイトル: Effects of glycans and hinge on dynamics in the IgG1 Fc.
著者: Bergonzo, C. / Hoopes, J.T. / Kelman, Z. / Gallagher, D.T.
履歴
登録2021年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fc fragment of human IgG1
B: Fc fragment of human IgG1
D: Fc fragment of human IgG1
E: Fc fragment of human IgG1
F: Fc fragment of human IgG1
G: Fc fragment of human IgG1
J: Fc fragment of human IgG1
K: Fc fragment of human IgG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,69510
ポリマ－193,2198
非ポリマー4772
水11,962664
1
A: Fc fragment of human IgG1
B: Fc fragment of human IgG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5433
ポリマ－48,3052
非ポリマー2381
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
2
D: Fc fragment of human IgG1
E: Fc fragment of human IgG1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3052
ポリマ－48,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
3
F: Fc fragment of human IgG1
G: Fc fragment of human IgG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5433
ポリマ－48,3052
非ポリマー2381
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
4
J: Fc fragment of human IgG1
K: Fc fragment of human IgG1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3052
ポリマ－48,3052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.836, 150.392, 241.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Fc fragment of human IgG1


分子量: 24152.359 Da / 分子数: 8 / 断片: engineered variant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686C11235 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6MZV7
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % / Mosaicity: 0.12 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 40 mM CaCl2, 100 mM NaHepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→150.44 Å / Num. obs: 114393 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.01-2.129.91.739100172101000.4640.5581.8311.155.2
6.35-150.449.80.0344396044730.9990.0110.03645.499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vgp

5vgp


解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 13.494 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 5637 4.9 %RANDOM
Rwork0.2197 ---
obs0.2222 110541 88.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.22 Å2 / Biso mean: 54.095 Å2 / Biso min: 26.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13148 0 30 664 13842
Biso mean--74.94 56.73 -
残基数----1652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01213560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.64718489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.24551644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22223.975634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.046152270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5161544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210258
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 188 -
Rwork0.377 4022 -
all-4210 -
obs--44.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.348-0.2732-0.02070.6759-0.36480.55750.0681-0.037-0.0673-0.1557-0.07710.14150.11170.02520.0090.19880.0168-0.01660.13220.01820.170242.120610.267629.1636
20.3486-0.05880.0960.8536-0.12780.2502-0.00830.07110.04150.13520.0931-0.00680.0057-0.0687-0.08470.15790.09910.02940.19830.04340.133257.478924.913947.1177
30.5162-0.56820.18250.8868-0.02220.2866-0.02530.01140.1374-0.1083-0.0195-0.1437-0.03760.08820.04480.205-0.01350.00340.18360.05110.132153.192545.075513.7771
40.13410.03570.28160.757-0.39120.983-0.035-0.0367-0.00630.01130.00720.1322-0.1012-0.05430.02780.18280.1061-0.04240.15050.00630.182329.012146.449229.7307
50.52260.1941-0.03380.70780.37930.49960.1024-0.1294-0.1390.0225-0.0874-0.13210.09680.0413-0.01490.1633-0.0428-0.03420.20380.04910.119733.908611.341191.4406
60.2743-0.20080.0070.88670.15640.41680.129-0.09230.093-0.0766-0.0249-0.15370.0065-0.1019-0.10410.1508-0.0470.0440.1753-0.00330.182318.06625.757572.9933
71.98970.65620.34060.9622-0.14280.8990.0858-0.3490.32340.1202-0.17680.1942-0.241-0.11920.0910.2037-0.03040.02440.3909-0.13080.080722.850745.7501106.9434
80.3083-0.25490.40090.790.27131.68350.02220.01890.0261-0.0863-0.1242-0.2061-0.26010.0120.1020.1854-0.1182-0.04160.14160.02490.22346.749847.14590.7108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A240 - 900
2X-RAY DIFFRACTION2B241 - 446
3X-RAY DIFFRACTION3D240 - 446
4X-RAY DIFFRACTION4E239 - 446
5X-RAY DIFFRACTION5F240 - 900
6X-RAY DIFFRACTION6G240 - 446
7X-RAY DIFFRACTION7J240 - 443
8X-RAY DIFFRACTION8K240 - 445

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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