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- PDB-7rh8: Crystal structure of Fur1p from Candida albicans, in complex with UTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rh8
タイトルCrystal structure of Fur1p from Candida albicans, in complex with UTP
要素Uracil phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / fur1 / drug target / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / national institute of allergy and infectious diseases
機能・相同性pyrimidine-containing compound salvage / Uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / fungal biofilm matrix / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Uracil phosphoribosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Kim, Y. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fur1p from Candida albicans, in complex with UTP
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9912
ポリマ－24,5071
非ポリマー4841
水5,819323
1
A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Uracil phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9648
ポリマ－98,0274
非ポリマー1,9374
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/31
Buried area17140 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area33010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.967, 145.967, 51.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-459-

HOH

21A-493-

HOH

31A-529-

HOH

41A-592-

HOH

51A-613-

HOH

61A-624-

HOH

71A-630-

HOH

81A-636-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uracil phosphoribosyltransferase


分子量: 24506.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: FUR1, orf19.2640, CAALFM_C503390CA / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: Q59QT3
#2: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UTP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 35544 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 29.73
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1496 / CC1/2: 0.949 / Rpim(I) all: 0.262 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JLS

1jls


解像度: 1.69→47.78 Å / SU ML: 0.1571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.381
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1917 1776 5 %RANDOM
Rwork0.1615 33750 --
obs0.1631 35526 97.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 29 323 2024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01891734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.70852341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1173263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0194295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1333677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.740.2861170.24022215X-RAY DIFFRACTION85.05
1.74-1.790.26381330.21412551X-RAY DIFFRACTION98.03
1.79-1.840.20691360.19432580X-RAY DIFFRACTION98.55
1.84-1.910.22061350.192581X-RAY DIFFRACTION98.76
1.91-1.990.20721360.16652576X-RAY DIFFRACTION98.51
1.99-2.080.18291360.16432573X-RAY DIFFRACTION98.8
2.08-2.190.20721370.15712621X-RAY DIFFRACTION99.35
2.19-2.320.16571390.15912633X-RAY DIFFRACTION99.18
2.32-2.50.20171360.15932593X-RAY DIFFRACTION98.7
2.5-2.750.22771400.16452654X-RAY DIFFRACTION99.43
2.75-3.150.18531390.15922642X-RAY DIFFRACTION98.72
3.15-3.970.1481430.1392721X-RAY DIFFRACTION99.9
3.97-47.780.20011490.16112810X-RAY DIFFRACTION97.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9157797882510.1149309608950.5805877088222.7239859986-0.1025729833452.677743726290.0556670689296-0.02806846860480.01435669958080.0318505141932-0.0392806609933-0.00183804516841-0.1679196346180.179994466018-0.007368270775450.07732756069230.01956371283090.01025055394990.188537780532-0.02212574157980.142795801197-22.7006264954-52.966517282915.9301890913
23.53365282499-1.886670115950.2371544025773.14834437887-0.9495738844221.601650939770.0136760373262-0.0922985028845-0.1622902492240.0345649871573-0.033661242449-0.1689432822850.04055708307260.214554180954-0.007842200502970.127676401307-0.00392629156637-0.01911696166120.153211056052-0.06323573681220.132832467712-24.7954007523-56.6395828341-2.70773260036
31.264117636830.382563982826-0.9291683089430.9563578057410.4322020303771.692308777680.00195467525605-0.20524272551-0.172288539336-0.01849996412250.0175095162227-0.2232618519890.1096843382790.585878314404-0.06272742720970.1349390944330.07027603417360.005571920138250.3111431097440.005278357586460.229934846969-10.2320825556-61.9132085318.56205099459
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 55 )7 - 551 - 49
22chain 'A' and (resid 56 through 112 )56 - 11250 - 106
33chain 'A' and (resid 113 through 218 )113 - 218107 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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