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- PDB-7rgs: The crystal structure of RocC, containing FinO domain, 24-126 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rgs
タイトルThe crystal structure of RocC, containing FinO domain, 24-126
要素Repressor of competence, RNA Chaperone
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA chaperone / FinO / ProQ
機能・相同性RNA chaperone ProQ / RNA strand-exchange activity / ProQ/FinO domain superfamily / ProQ/FINO family / ProQ/FinO domain / ProQ/FINO family / RNA strand annealing activity / post-transcriptional regulation of gene expression / ProP effector
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kim, H.J. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for recognition of transcriptional terminator structures by ProQ/FinO domain RNA chaperones.
著者: Kim, H.J. / Black, M. / Edwards, R.A. / Peillard-Fiorente, F. / Panigrahi, R. / Klingler, D. / Eidelpes, R. / Zeindl, R. / Peng, S. / Su, J. / Omar, A.R. / MacMillan, A.M. / Kreutz, C. / ...著者: Kim, H.J. / Black, M. / Edwards, R.A. / Peillard-Fiorente, F. / Panigrahi, R. / Klingler, D. / Eidelpes, R. / Zeindl, R. / Peng, S. / Su, J. / Omar, A.R. / MacMillan, A.M. / Kreutz, C. / Tollinger, M. / Charpentier, X. / Attaiech, L. / Glover, J.N.M.
履歴
登録2021年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor of competence, RNA Chaperone
B: Repressor of competence, RNA Chaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1782
ポリマ－24,1782
非ポリマー00
水6,539363
1
A: Repressor of competence, RNA Chaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0891
ポリマ－12,0891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Repressor of competence, RNA Chaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0891
ポリマ－12,0891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.559, 81.772, 49.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-351-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Repressor of competence, RNA Chaperone


分子量: 12088.995 Da / 分子数: 2 / 断片: ProQ/FinO-domain, UNP residues 24-126 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3926_00530, DIZ73_10055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A128QHZ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 13499 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 36.5 % / Biso Wilson estimate: 21.14 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 28.7 % / Num. unique obs: 619 / CC1/2: 0.952 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000data processing
Cootモデル構築
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DVO, 3MW6

1dvo

3mw6


解像度: 2.1→49.42 Å / SU ML: 0.2489 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.6385
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 601 4.57 %
Rwork0.1607 12563 -
obs0.1642 13164 96.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1676 0 0 363 2039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74042370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2428682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.310.24441470.15863049X-RAY DIFFRACTION95.55
2.31-2.650.29281520.18363131X-RAY DIFFRACTION97.04
2.65-3.330.26241450.18493029X-RAY DIFFRACTION93.35
3.33-49.420.20121570.14113354X-RAY DIFFRACTION98.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.490391077031.75061048855-0.5444173627093.12418520025-0.9739901365751.093686836080.04770305906080.226739424155-0.100482945425-0.0824677472235-0.0359538652712-0.1471921430740.1429641191150.136052177713-0.01450866958760.1724714917590.03188886117870.005962400592040.161306758449-0.0004611696850370.13871825008638.070718872912.670578959350.4663607739
25.434141534423.41686112862-0.6483162370778.26494563556-0.2158564725774.77245511017-0.2737770878091.03946802247-0.545582875514-1.251770341790.26595266045-0.476869800540.4883322369690.2302414899240.01407544988960.3338416657570.0466373015220.02551102790130.414247647155-0.06676479595030.20488712281236.46606044089.6895343445737.4745663568
33.69012614643.088729861913.466937048417.948852818965.219854037545.556023983530.07086302022290.3282664671240.3241878087570.118261763044-0.1777107494280.4359253964580.375677788341-0.09024005775850.1195973364540.144023163928-0.007660397748710.02707651857310.2070027452850.02413033078940.16309166703231.718332619318.23108786147.6446504603
42.967128592672.656432080341.114884002759.24337730369-0.09777170849220.8116569409270.1117462773870.128144356310.197657338717-0.256257159688-0.0664567511217-0.282473675364-0.0497649170499-0.0731090274592-0.06255035112680.1414090879970.02902144786770.04705310537430.1591258990060.03117804952760.13175065885946.394814694325.96735243446.151210521
57.122283473194.53361752014-5.763852498164.5699997214-4.44942773815.183852085170.6953408206040.421960868231.193881449570.3934655968250.2510256620150.593706718578-1.03182125244-0.819842979972-0.9172824176860.3568233706920.1031156512860.06361367541360.2617600377140.02661673124810.41606547489932.580931943934.668292625752.775263274
63.92785454332-4.05666575779-1.88821374679.013163229563.929648674043.404351421850.3300151905130.713972490541-0.272925474676-1.04922947235-0.300447626331-0.6533204425470.5356781511570.7092603539980.001870813151590.420752526090.07468326714250.09653039095840.3621744846410.1055308704770.44185695579148.13606321739.3662501432654.3069500532
74.602561922890.272426413623-0.3005200230012.57916295693-0.5668673993561.816550348920.018471655534-0.0571647996483-0.2419076445390.1001230534250.08724039231790.08239658469570.07902093172660.0369038387675-0.09324186310550.152590829366-0.0130593953296-0.01480886529640.07616885398270.01472096762930.13434627286433.48376751249.3436938739763.4200560868
87.70803252095-4.0758815805-5.151747964697.427927980253.616297994757.99337502131-0.0731592371211-0.829266957901-0.7799925045420.7548546088510.214083924542-0.2790748456380.6590201973910.37996559973-0.09577268204930.337840441514-0.0251658933157-0.09675905257170.2140735721730.06576335938160.28125556841540.64644338091.8049907909672.2293931844
94.45468681939-3.487739750230.6466034936187.24019299076-1.022417488081.83851478241-0.03838947765370.05013049940550.4344301987340.552021461266-0.123870715554-0.638298013261-0.2624206256330.2778529759840.1632177026630.176142170415-0.0419255902681-0.01853768584990.1313331835630.03117456506660.18202819965740.108300340914.868844587567.504156584
103.56844532495-0.510568092674-0.663776258880.5872670257230.156143825782.256154213780.217353706359-0.2060434694460.4988763584980.844839869666-0.04754331226910.620493852476-0.568261190881-0.203675225106-0.1322307037590.3690208767140.03411669567360.1024440107580.208328366456-0.003882732506540.26073365843427.395715550621.590818664270.8757131645
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 52 )AA19 - 521 - 34
22chain 'A' and (resid 53 through 67 )AA53 - 6735 - 49
33chain 'A' and (resid 68 through 90 )AA68 - 9050 - 73
44chain 'A' and (resid 91 through 109 )AA91 - 10974 - 93
55chain 'A' and (resid 110 through 125 )AA110 - 12594 - 110
66chain 'B' and (resid 19 through 26 )BB19 - 261 - 8
77chain 'B' and (resid 27 through 52 )BB27 - 529 - 35
88chain 'B' and (resid 53 through 67 )BB53 - 6736 - 51
99chain 'B' and (resid 68 through 90 )BB68 - 9052 - 75
1010chain 'B' and (resid 91 through 125 )BB91 - 12576 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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