PDB-7rga: Crystal structure of nanoCLAMP3:VHH in complex with MTX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rga

タイトル

Crystal structure of nanoCLAMP3:VHH in complex with MTX

要素

nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

METHOTREXATE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Guo, Z. / Alexandrov, K.

資金援助

オーストラリア,

カナダ, 4件

組織	認可番号	国
Australian Research Council (ARC)	DP160100973	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP150100936	オーストラリア
Canada Excellence Research Chair Award	CE200100029	カナダ
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1113262	オーストラリア

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Design of a methotrexate-controlled chemical dimerization system and its use in bio-electronic devices.
著者: Guo, Z. / Smutok, O. / Johnston, W.A. / Walden, P. / Ungerer, J.P.J. / Peat, T.S. / Newman, J. / Parker, J. / Nebl, T. / Hepburn, C. / Melman, A. / Suderman, R.J. / Katz, E. / Alexandrov, K.

履歴

登録	2021年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_audit_support.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rga.cif.gz	723.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rga.ent.gz	603.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rga_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rga_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7rga_validation.xml.gz	73.7 KB	表示
CIF形式データ	7rga_validation.cif.gz	95.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/7rga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/7rga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rg7C 2w1qS 3qxvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH

B: nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH

C: nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH

D: nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH

E: nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH

F: nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH

G: nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH

ヘテロ分子

232 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.200, 143.969, 181.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.34, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: 抗体	nano CLostridial Antibody Mimetic Protein 3 VHH 分子量: 32642.461 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト分子量: 454.439 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 化学療法薬*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.4 M sodium malonate-malonic acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→48.38 Å / Num. obs: 1401844 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.9→2.975 Å / 冗長度: 14.5 % / Num. unique obs: 70152 / CC_1/2: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QXV 2W1Q

3qxv

2w1q

解像度: 2.9→48.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 29.507 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24223	4949	5 %	RANDOM
R_work	0.19469	-	-	-
obs	0.1971	93544	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.91 Å²	0 Å²	-0.42 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14416	0	245	3	14664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	15080
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.057	1.956	20402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.921	5	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.741	24.003	717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.713	15	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.377	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	11686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.949	1.5	9188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.835	2	14655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.421	3	5892
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.204	4.5	5747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	330	-
R_work	0.34	6936	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3433	0.1601	0.1275	1.33	-0.0946	0.4673	0.019	-0.0414	0.0163	-0.0219	-0.0489	-0.0154	0.0782	-0.0164	0.0299	0.1354	-0.0211	-0.0236	0.1539	0.0252	0.0123	74.663	-15.884	28.524
2	0.538	-0.1985	-0.2	0.2712	-0.0511	1.4764	0.0136	-0.0604	0.0145	-0.0895	-0.0187	0.0016	0.1289	0.068	0.005	0.1121	0.0083	-0.0266	0.1507	0.0786	0.0548	107.899	-20.317	34.849
3	0.6452	-0.2939	-0.0485	1.6076	0.5681	0.5082	0.0642	-0.0341	0.107	-0.0265	-0.0686	-0.0474	0.0381	-0.0192	0.0044	0.0911	0.0178	-0.0103	0.1363	-0.0215	0.0324	54.033	9.485	12.175
4	1.9587	-0.095	-0.4329	0.4296	0.1046	0.2422	-0.0193	-0.128	0.1283	-0.1086	0.0102	0.0352	-0.0093	0.0265	0.0091	0.1658	-0.0687	-0.013	0.0953	-0.0237	0.026	120.314	17.75	20.659
5	0.4413	0.1532	-0.0377	0.42	-0.5071	2.26	0.0352	0.0413	0.0543	-0.0013	-0.0147	0.032	0.3031	0.0578	-0.0206	0.2459	0.0398	0.0624	0.0638	0.0374	0.0344	65.843	-53.56	70.026
6	0.5067	0.2188	-0.2651	1.4774	-1.1715	1.3168	-0.0142	-0.0002	0.0081	-0.0422	-0.0996	-0.2062	0.0382	0.0646	0.1139	0.0658	0.0464	0.0098	0.1647	0.1201	0.1136	136.563	-23.777	41.171
7	3.1629	0.9957	0.0429	0.4184	-0.019	0.7084	0.1202	-0.0165	0.5826	0.1311	-0.0165	0.2756	0.0982	0.1248	-0.1037	0.1039	0.0211	0.0967	0.0866	0.0426	0.265	62.445	-19.74	69.082
8	0.0828	0.0156	-0.037	0.066	0.0585	0.0772	-0.0646	-0.0636	-0.03	-0.0153	0.0099	0.0279	-0.0029	0.0696	0.0546	0.1547	0.0154	-0.0144	0.1991	0.0821	0.1023	88.558	-17.043	34.268
9	0.1132	0.0157	-0.0089	0.1085	0.0478	0.0364	-0.0363	0.0136	-0.0234	-0.062	0.0339	0.0257	0.0258	0.0564	0.0024	0.1575	0.0927	-0.0207	0.1748	0.0478	0.0711	91.377	-17.193	35.815
10	44.6654	7.7195	-40.8225	-3.4785	-6.7903	32.3783	-0.2924	5.8223	0.6583	0.4093	0.9191	0.0057	0.2616	-4.5845	-0.6266	0.3518	-0.0293	0.0081	1.0131	-0.0563	0.1698	85.415	-5.782	18.74

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 298
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 298
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 298
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 298
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 298
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	301
9	X-RAY DIFFRACTION	8	B	301
10	X-RAY DIFFRACTION	8	C	301
11	X-RAY DIFFRACTION	8	D	301
12	X-RAY DIFFRACTION	8	E	301
13	X-RAY DIFFRACTION	8	F	301
14	X-RAY DIFFRACTION	8	G	301
15	X-RAY DIFFRACTION	9	A	302 - 303
16	X-RAY DIFFRACTION	9	B	302 - 303
17	X-RAY DIFFRACTION	9	C	302 - 303
18	X-RAY DIFFRACTION	9	D	302 - 303
19	X-RAY DIFFRACTION	9	E	302 - 303
20	X-RAY DIFFRACTION	9	F	302 - 303
21	X-RAY DIFFRACTION	9	G	302 - 303
22	X-RAY DIFFRACTION	10	A	401 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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