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- PDB-7rfq: STRUCTURE OF BACTERIAL SYLF DOMAIN CONTAINING PROTEIN, BETA CELL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rfq
タイトルSTRUCTURE OF BACTERIAL SYLF DOMAIN CONTAINING PROTEIN, BETA CELL EXPANSION FACTOR A (BEFA)
要素BETA CELL EXPANSION FACTOR A (BEFA)
キーワードSIGNALING PROTEIN / SYLF DOMAIN / BACTERIAL PROTEIN / DEVELOPMENTAL REGULATOR / BETA CELL EXPANSION FACTOR
機能・相同性host cellular component / extracellular region / CITRIC ACID / Beta cell expansion factor A
機能・相同性情報
生物種Aeromonas veronii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Sweeney, E.G.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)
引用
ジャーナル: Cell Metab. / 年: 2022
タイトル: BefA, a microbiota-secreted membrane disrupter, disseminates to the pancreas and increases beta cell mass.
著者: Hill, J.H. / Massaquoi, M.S. / Sweeney, E.G. / Wall, E.S. / Jahl, P. / Bell, R. / Kallio, K. / Derrick, D. / Murtaugh, L.C. / Parthasarathy, R. / Remington, S.J. / Round, J.L. / Guillemin, K.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: A conserved bacterial protein induces pancreatic beta cell expansion during zebrafish development.
著者: Hill, J.H. / Franzosa, E.A. / Huttenhower, C. / Guillemin, K.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA CELL EXPANSION FACTOR A (BEFA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2233
ポリマ－29,8391
非ポリマー3842
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.670, 64.550, 42.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-460-

HOH

21A-602-

HOH

31A-609-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BETA CELL EXPANSION FACTOR A (BEFA)


分子量: 29838.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas veronii (バクテリア) / 遺伝子: AMS64_07270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S3XLU2
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 % / 解説: diamond-like, embedded in sticky precipitant
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 25 % PEG 3350, 100 mM CITRIC ACID PH 3.5, 1 mM TCEP, 39 mM O-PHOSPHO-L-SERINE OR 39 mM SERINE, VAPOR

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0, 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97951
反射解像度: 1.27→37.35 Å / Num. all: 62064 / Num. obs: 62064 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.177 / Rsym value: 0.168 / Net I/av σ(I): 2.4 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 621902
反射 シェル解像度: 1.27→1.32 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. measured all: 23389 / Num. unique obs: 2032 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.119 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I) obs: 17.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.27→37.35 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.155 2308 3.72 %
Rwork0.131 59730 -
obs0.132 62038 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.51 Å2 / Biso mean: 18.8979 Å2 / Biso min: 5.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.27→37.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1693 0 36 222 1951
Biso mean--42.47 37.42 -
残基数----223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.27-1.29760.2381370.1918369099
1.2976-1.32780.19051580.15943680100
1.3278-1.3610.16921330.14083767100
1.361-1.39780.16611550.13163681100
1.3978-1.4390.16741430.12633716100
1.439-1.48540.141430.12123738100
1.4854-1.53850.14611470.10643702100
1.5385-1.60010.12891430.10623757100
1.6001-1.67290.15771320.1113709100
1.6729-1.76110.13231440.11193720100
1.7611-1.87140.16191470.11593742100
1.8714-2.01590.13451450.11443742100
2.0159-2.21880.13621380.11723755100
2.2188-2.53980.15191530.12623730100
2.5398-3.19960.14971480.14373776100
3.1996-37.30.1711420.14843825100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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