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- PDB-7reu: Crystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7reu
タイトルCrystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase from Candida auris, L-Tyr complex
要素3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase
キーワードLYASE / BETA-ALPHA-BARREL / SYNTHASE / ALDOLASE / SYNTHETASE / shikimate pathway / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / TYROSINE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida auris (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Tan, K. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase from Candida auris, L-Tyr complex
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5248
ポリマ－79,8452
非ポリマー6806
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.355, 121.355, 205.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase / Aro4p


分子量: 39922.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida auris (菌類) / 遺伝子: Aro4 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A2H0ZNV2

-
非ポリマー , 5種, 67分子

#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 1.8 M tri-ammonum citrate, 0.1 M Tris pH 8.6, 0.5 mM TCEP cryoprotectant Paratone

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 19301 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 64.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 1057 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.259 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OFR

1ofr


解像度: 2.79→42.91 Å / SU ML: 0.3108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.5238
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 1886 9.98 %RANDOM
Rwork0.1807 17014 --
obs0.1865 18900 97.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→42.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5384 0 43 61 5488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00335497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5577409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.32292081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.870.35461310.26411170X-RAY DIFFRACTION89.11
2.87-2.950.31821400.24821251X-RAY DIFFRACTION95.08
2.95-3.050.31221360.23841279X-RAY DIFFRACTION96.06
3.05-3.160.34821450.24261282X-RAY DIFFRACTION96.94
3.16-3.280.26891430.2291292X-RAY DIFFRACTION97.55
3.28-3.430.29811430.20211309X-RAY DIFFRACTION97.71
3.43-3.610.24071450.18141302X-RAY DIFFRACTION98.3
3.61-3.840.25321450.17541318X-RAY DIFFRACTION98.45
3.84-4.140.23781480.17071318X-RAY DIFFRACTION98.72
4.14-4.550.2241500.14751351X-RAY DIFFRACTION99.54
4.55-5.210.22021490.15191341X-RAY DIFFRACTION99
5.21-6.560.21021510.18861363X-RAY DIFFRACTION99.15
6.56-42.910.18711600.15951438X-RAY DIFFRACTION97.44
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.927688591671.257316712872.530464829875.165999730851.183074796362.54353291078-0.6840167791591.4034477308-0.826428685405-0.09369498862630.562465558451-0.2234346308920.1189054149970.6496860679840.07452319462250.742213476677-0.0267189982169-0.0226990030690.794612639186-0.2276393996560.43572010453828.40233.17560.905
22.25306204026-0.414840588164-1.396284177682.006790387750.6073554286346.48538680102-0.110655279960.222207577272-0.184012415633-0.26128988383-0.183340252850.7840801559930.464067590211-0.6850054816240.2900367904980.455203819199-0.131681017099-0.1246502505580.637825416072-0.09744436465770.714354922162-8.47836.49670.57
32.979054914940.304099583177-0.9442139704661.44383044454-0.06334213699464.26708686554-0.0564703353250.194112473872-0.197274996215-0.05010456141630.05182325027710.0175976059790.411322952363-0.0913535337864-0.04361695961530.3083434442910.0109501703165-0.09019390636870.324063156109-0.09746029432110.4276872299154.87140.70272.692
45.137901822122.198087977990.6489375787823.40883358074-0.03429392817143.985404511470.128389706098-0.321482509748-0.570000225535-0.00143746688949-0.1355402533530.201688957480.683545750027-0.4342651807050.02719667927660.425639376085-0.0694691948788-0.01254381139290.563463709083-0.03546423480290.55359197174-8.07535.10987.425
55.01309952162-3.36109843368-4.417587299553.3992323860.6753929438728.443483894652.27406195858-4.88175620997-0.590537756167-2.223400073391.505270825412.16852819516-0.0001694095988662.24441816039-3.880639665840.77778274233-0.337124389404-0.1708776431061.02320349024-0.03296617978480.8616335601895.80146.4164.394
69.40108883836-0.842390795429-4.120900437582.025149775620.3216914739412.8789677669-0.6921843214891.469191317870.974963962512-0.09596160748270.4222527732690.1319522585450.053312620559-0.08340244283950.2511999570920.630258774834-0.102499263441-0.08796428458160.728328887535-0.0299682060550.32907183849916.76749.88459.023
74.50844665750.6403797339513.757809858955.24178264203-2.257419835427.27044096652-0.1314622275390.1848671839290.335648712685-0.0126204727462-0.002542524300430.102457040543-0.3453273239210.134685506550.09578387792220.366116707742-0.01496998164430.01812002048280.483639040907-0.1438592584690.40556054192536.82449.56475.701
83.881532547390.6390224087651.649749588281.26083825079-0.2075342126474.430933712870.08745333801030.0310772670217-0.2072133904770.1127833702120.06533172634940.06538594853180.2040240626240.0130880724285-0.1537173202160.3647217354610.0757683386673-0.06322519007580.285619386177-0.09934680456970.37109791223126.16540.90974.976
93.06265942555-0.23507389570.9718817282527.94849974719-3.186869506574.624668926090.00398494740051-0.4216203231110.170889122960.2783688585890.2102189658690.297663422242-0.1702310205830.0506012677105-0.2465291537580.4171246650970.0270290248033-0.0427610030790.451398972635-0.0903208176860.336039495236.04348.77189.553
101.99972530556-0.5155528026342.000889923460.762281531821-1.524892533287.84586514129-0.243978682853-0.3495876564590.2480789683390.09578645584910.0706449721507-0.263992652987-0.108708283871-0.133114903020.02989604878251.013037804510.410562182959-0.4892766728020.0219283114256-0.2832071375640.74636197199226.0437.66865.528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 5:23 )A5 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 24:111 )A24 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 112:249 )A112 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 250:365 )A250 - 365
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:401 )A401
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 8:34 )B8 - 34
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 35:123 )B35 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 124:249 )B124 - 249
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 250:365 )B250 - 365
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 401:401 )B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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