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- PDB-7reu: Crystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-pho... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7reu | ||||||
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Title | Crystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase from Candida auris, L-Tyr complex | ||||||
![]() | 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase | ||||||
![]() | LYASE / BETA-ALPHA-BARREL / SYNTHASE / ALDOLASE / SYNTHETASE / shikimate pathway / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | ![]() 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Tan, K. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Aro4p, 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate (DAHP) synthase from Candida auris, L-Tyr complex Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 320.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 234.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 920.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 919.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1ofrS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 39922.281 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 67 molecules ![](data/chem/img/TYR.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.6 Details: 1.8 M tri-ammonum citrate, 0.1 M Tris pH 8.6, 0.5 mM TCEP cryoprotectant Paratone |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.79→50 Å / Num. obs: 19301 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 64.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 25.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 1057 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.259 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1OFR Resolution: 2.79→42.91 Å / SU ML: 0.3108 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 24.5238 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.79→42.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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