PDB-7rei: The crystal structure of nickel bound human ADO C18S C239S variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rei

タイトル

The crystal structure of nickel bound human ADO C18S C239S variant

要素

2-aminoethanethiol dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / non-heme iron-dependent dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteamine dioxygenase / cysteamine dioxygenase activity / Degradation of cysteine and homocysteine / cellular response to hypoxia / iron ion binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Wang, Y. / Shin, I. / Li, J. / Liu, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of human cysteamine dioxygenase provides a structural rationale for its function as an oxygen sensor.
著者: Wang, Y. / Shin, I. / Li, J. / Liu, A.

履歴

登録	2021年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rei.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rei.ent.gz	49.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rei_validation.pdf.gz	602.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rei_full_validation.pdf.gz	603.5 KB	表示
XML形式データ	7rei_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	7rei_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2yjf-3 6z49-1 6rcz-1 4xsv-d 3bbw-1 2b25-2 2fvg-d 4ksn-d 1u4e-d 5adv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-aminoethanethiol dioxygenase

ヘテロ分子

30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.881, 95.764, 117.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- HOH

#1: タンパク質	2-aminoethanethiol dioxygenase / Cysteamine dioxygenase 分子量: 29754.732 Da / 分子数: 1 / 変異: C18S, C239S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADO, C10orf22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SZ5, cysteamine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 29671 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 1.091 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 377079

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.78-1.81	10.2	1.004	1429	0.79	0.319	1.056	0.677	97.9
1.81-1.84	11	0.829	1452	0.856	0.256	0.869	0.731	99.2
1.84-1.88	11.8	0.764	1460	0.89	0.229	0.799	0.779	99.7
1.88-1.92	12.2	0.705	1461	0.918	0.209	0.736	0.779	99.7
1.92-1.96	12.7	0.615	1518	0.942	0.179	0.641	0.804	99.4
1.96-2	12.8	0.501	1418	0.965	0.145	0.522	0.859	99.4
2-2.05	12	0.409	1460	0.965	0.121	0.427	0.931	98.4
2.05-2.11	13.4	0.368	1494	0.975	0.105	0.383	0.968	99.6
2.11-2.17	13.7	0.32	1470	0.978	0.091	0.333	1.015	99.9
2.17-2.24	13.6	0.29	1451	0.985	0.082	0.301	1.021	99.9
2.24-2.32	13.3	0.24	1495	0.985	0.069	0.25	1.085	99.9
2.32-2.42	13	0.214	1470	0.987	0.062	0.223	1.119	99.6
2.42-2.53	12.2	0.179	1465	0.989	0.053	0.187	1.229	98.6
2.53-2.66	13.7	0.16	1490	0.993	0.046	0.167	1.331	100
2.66-2.83	13.5	0.137	1495	0.991	0.039	0.142	1.341	99.9
2.83-3.04	13.3	0.114	1511	0.993	0.033	0.118	1.544	100
3.04-3.35	12.6	0.095	1481	0.996	0.027	0.098	1.598	99.3
3.35-3.83	13.7	0.079	1520	0.993	0.022	0.083	1.588	99.9
3.83-4.83	12.6	0.062	1523	0.996	0.018	0.065	1.314	99.1
4.83-50	12.8	0.045	1608	0.999	0.013	0.047	0.807	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: customized ensenble

解像度: 1.78→47.62 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2093	1990	6.72 %
R_work	0.1801	27637	-
obs	0.1821	29627	99.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.3 Å² / B_iso mean: 32.4678 Å² / B_iso min: 15.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1921	0	43	212	2176
B_iso mean	-	-	41.71	39.46	-
残基数	-	-	-	-	243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	2773
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.564	803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	371

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.78-1.83	0.3318	133	0.2903	1838	1971	93
1.83-1.88	0.292	141	0.2445	1930	2071	99
1.88-1.93	0.2524	138	0.2144	1950	2088	100
1.93-2	0.2323	143	0.2021	1976	2119	99
2-2.07	0.242	140	0.1845	1946	2086	99
2.07-2.15	0.2346	140	0.1945	1950	2090	100
2.15-2.25	0.2232	142	0.1933	1969	2111	100
2.25-2.37	0.2263	145	0.1835	1993	2138	100
2.37-2.51	0.2135	144	0.1884	1976	2120	99
2.51-2.71	0.2283	145	0.1921	1975	2120	100
2.71-2.98	0.2128	147	0.1836	1992	2139	100
2.98-3.41	0.1787	144	0.1802	2010	2154	100
3.41-4.3	0.1789	142	0.1486	2025	2167	100
4.3-47.62	0.1972	146	0.1694	2107	2253	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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