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- PDB-7rdw: Crystal Structure of FH1 Fab bound to HXb2 HIV-1 gp120 core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdw
タイトルCrystal Structure of FH1 Fab bound to HXb2 HIV-1 gp120 core
要素
  • (FH1 Fab Heavy ...) x 2
  • FH1 Fab Light Chain
  • Glycoprotein 120
キーワードIMMUNE SYSTEM / FH1 / VH1-2*02 / VRC01 / Antibody / HIV-1
機能・相同性HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / AMMONIUM ION
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Weidle, C. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Characterization of a vaccine-elicited human antibody with sequence homology to VRC01-class antibodies that binds the C1C2 gp120 domain.
著者: Gray, M.D. / Feng, J. / Weidle, C.E. / Cohen, K.W. / Ballweber-Fleming, L. / MacCamy, A.J. / Huynh, C.N. / Trichka, J.J. / Montefiori, D. / Ferrari, G. / Pancera, M. / McElrath, M.J. / Stamatatos, L.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Glycoprotein 120
D: Glycoprotein 120
G: FH1 Fab Heavy Chain
H: FH1 Fab Heavy Chain
I: FH1 Fab Light Chain
L: FH1 Fab Light Chain
M: Glycoprotein 120
N: Glycoprotein 120
Q: FH1 Fab Heavy Chain
R: FH1 Fab Light Chain
U: FH1 Fab Heavy Chain
V: FH1 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,28557
ポリマ－356,01312
非ポリマー9,27345
水1,60389
1
C: Glycoprotein 120
Q: FH1 Fab Heavy Chain
R: FH1 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,40316
ポリマ－89,0123
非ポリマー2,39113
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area34370 Å2
手法PISA
2
D: Glycoprotein 120
U: FH1 Fab Heavy Chain
V: FH1 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,86312
ポリマ－88,9953
非ポリマー1,8699
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area34610 Å2
手法PISA
3
G: FH1 Fab Heavy Chain
I: FH1 Fab Light Chain
N: Glycoprotein 120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,87316
ポリマ－88,9953
非ポリマー2,87913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9010 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area36300 Å2
手法PISA
4
H: FH1 Fab Heavy Chain
L: FH1 Fab Light Chain
M: Glycoprotein 120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,14613
ポリマ－89,0123
非ポリマー2,13410
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area34470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.361, 106.266, 113.219
Angle α, β, γ (deg.)67.566, 76.674, 60.987
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 CDMN

#1: タンパク質
Glycoprotein 120


分子量: 41336.422 Da / 分子数: 4 / 断片: HXB2 gp120 core / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 3種, 8分子 GUHQILRV

#2: 抗体 FH1 Fab Heavy Chain


分子量: 24472.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 FH1 Fab Heavy Chain


分子量: 24489.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体
FH1 Fab Light Chain


分子量: 23185.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 32分子

#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 102分子

#7: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NH4SO4, 20% PEG 1500, 0.1M Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50.18 Å / Num. obs: 36171 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 62.36 Å2 / CC1/2: 0.95 / Net I/σ(I): 5.29
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / Num. unique obs: 1577 / CC1/2: 0.712 / % possible all: 69.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-20001.15.2_3472データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MFT

6mft


解像度: 3.55→50.18 Å / SU ML: 0.4539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.1724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2949 1840 5.09 %
Rwork0.2602 34318 -
obs0.2619 36158 76.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→50.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21828 0 43 90 21961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007822378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.621930673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07763584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00293986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.84927618
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.55-3.640.3227250.3006503X-RAY DIFFRACTION14.75
3.64-3.750.3617820.30921263X-RAY DIFFRACTION37.25
3.75-3.870.3298970.28731753X-RAY DIFFRACTION51.2
3.87-4.010.34371150.27872185X-RAY DIFFRACTION63.55
4.01-4.170.3111150.27142585X-RAY DIFFRACTION74.57
4.17-4.360.30161390.25822906X-RAY DIFFRACTION83.33
4.36-4.590.31621580.25033140X-RAY DIFFRACTION91.48
4.59-4.880.26251790.23193343X-RAY DIFFRACTION96.57
4.88-5.250.28412080.23023262X-RAY DIFFRACTION96.85
5.25-5.780.28241770.25543346X-RAY DIFFRACTION97.13
5.78-6.610.30221760.28723403X-RAY DIFFRACTION98
6.61-8.330.30611910.28213323X-RAY DIFFRACTION97.37
8.33-50.180.26351780.25133306X-RAY DIFFRACTION96.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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