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- PDB-7rdv: TFH TCR bound to MHC Class II IAd presenting aggrecan epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdv
タイトルTFH TCR bound to MHC Class II IAd presenting aggrecan epitope
要素
  • (H-2 class II histocompatibility antigen, A-D ...) x 2
  • Aggrecan core peptide
  • TFH TCR alpha chain
  • TFH TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune receptor / MHC class II
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen / MHC class II antigen presentation / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / multivesicular body ...Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen / MHC class II antigen presentation / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / multivesicular body / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / adaptive immune response / early endosome / lysosome / immune response / external side of plasma membrane / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, A-D beta chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.90006610312 Å
データ登録者Lim, J.J. / Rossjohn, J. / Reid, H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1083192 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TFH TCR bound to MHC Class II IAd presenting aggrecan epitope
著者: Lim, J.J. / Rossjohn, J. / Reid, H.
履歴
登録2021年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain
B: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D beta chain
C: TFH TCR alpha chain
D: TFH TCR beta chain
H: Aggrecan core peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0807
ポリマ－93,6385
非ポリマー4422
水1267
1
A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain
B: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D beta chain
H: Aggrecan core peptide
ヘテロ分子

C: TFH TCR alpha chain
D: TFH TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0807
ポリマ－93,6385
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445-x-1,-x+y-1,-z+1/31
Buried area13090 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area35340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.562, 102.562, 195.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

-
H-2 class II histocompatibility antigen, A-D ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain


分子量: 20568.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P04228
#2: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-D beta chain


分子量: 21848.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Ab1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P01921

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 TFH TCR alpha chain


分子量: 23023.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 TFH TCR beta chain


分子量: 26829.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 10分子 H

#5: タンパク質・ペプチド Aggrecan core peptide


分子量: 1367.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACAN, AGC1, CSPG1, MSK16
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M Sodium Cacodylate pH6.0 15% w/v PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.61 Å / Num. obs: 27175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 84.7305946915 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.209 / Num. unique obs: 4340 / CC1/2: 0.721

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1iao

1iao


解像度: 2.90006610312→49.6061030837 Å / SU ML: 0.373710102351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33788053909 / 位相誤差: 26.6607591971
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264506084445 1359 5.0099535501 %
Rwork0.237312668179 25767 -
obs0.238629382303 27126 99.9742011573 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.950775646 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.90006610312→49.6061030837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6045 0 0 7 6052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002309107238846204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5567792571778477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437906465098942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003892992311711111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.52064889433648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.00370.3563678646441250.3314600952022554X-RAY DIFFRACTION100
3.0037-3.12390.3374954073131450.3081270891622525X-RAY DIFFRACTION100
3.1239-3.26610.295500817171230.3135021540272544X-RAY DIFFRACTION100
3.2661-3.43830.3573617032821360.2774697441682542X-RAY DIFFRACTION100
3.4383-3.65360.2544404678111510.2510687972212524X-RAY DIFFRACTION100
3.6536-3.93560.2576039209561490.2511596273682563X-RAY DIFFRACTION99.9263080324
3.9356-4.33140.2547323941681370.2270855484052548X-RAY DIFFRACTION99.9627699181
4.3314-4.95770.2367086044031290.1959297138842582X-RAY DIFFRACTION99.9262808699
4.9577-6.24430.2370416929011390.2169121745582609X-RAY DIFFRACTION100
6.2443-49.60.2616484376651250.2282768381572776X-RAY DIFFRACTION99.9311057527
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.91915530996-0.6709659069854.124971676372.64466999687-2.23746680224.642360486840.8487607094910.435285671-0.169688266767-0.620345077232-0.615194850811-0.4349851671360.3896179457840.59852608382-0.239842482670.9253748794650.2297612855530.3432324144150.6248413807380.0736769639331.05514578426-34.3602496645.1255489671820.5706556077
22.294234443091.42310306876-1.551982682284.26774830715-0.4843463214364.661745604690.6127143080340.1748725524270.833568760992-1.27868896602-0.5782759982680.401403913555-1.045575210110.405750371568-0.1195097672631.650409725560.3401745978330.3399985936990.7129902114780.1550603353131.0644780074-36.152926474216.687985723417.397090125
38.50705432653-2.89407529139-4.232781477026.84397522665.864740284145.488273915450.0377568497203-0.7586275086250.0868712112033-0.1952218033510.270369460239-0.40927289095-0.1757133843560.409918816860.1366253435940.8071048134410.13874678040.1002362643810.3811761951180.1029792293440.65075784971-33.28531957333.9432193201633.9662246071
42.710260395680.527065457416-0.7435501046665.82022264815-2.469769282225.64357930468-0.4647156426490.082316568991-0.196614840148-1.11737914433-0.39215931164-1.551640440310.04256833713581.522771977520.7375453135111.17897774709-0.01092231496410.4310013040681.250324941290.2031851540381.1725511823-18.1013313847.8461376104611.3582699145
55.30683832457-0.437281194434-0.1326064120031.91385289087-0.6247319333245.93620195416-0.06515958320550.492243627742-0.307273936103-0.756648215802-0.349334396338-0.817616032302-0.6018780013051.311056607320.3377052727471.50860144760.2797932868560.7045438267221.31450197480.2981888792131.27690027158-19.99099417568.66161328429.41991846002
6-0.0628252869438-0.5596086228040.04966475175535.15564615184-0.2637445179010.0452026259973-1.08500865483-0.588419959856-0.2547578567980.2675504401150.158313250848-0.9663519547150.920621197913-1.561654640060.8448421664320.9349497692210.1544444978660.3159108078421.638803979450.2764217342261.16199860524-10.74765984414.404068177959.64490549718
73.66135647555-0.469476671849-0.4430573620641.8109833393-0.1654613242421.747012838650.01824837576890.0376646701137-0.5065740457930.0164590113236-0.110106426612-0.009840141580050.1643086562520.07632424690460.1542217854550.8610446769110.2861905163960.1397959516490.5412265623630.03637204262120.769920619419-39.7893228697-5.6135233613225.2855646759
82.64393313126-1.148469552-2.537353068960.7462264751061.312125293572.52331136066-0.2016396764020.368395762195-0.002342042445420.3306753137880.2263645556320.310431054161-1.3032259406-2.268252533130.5783636511780.9863890080790.4405630770750.1315359734210.7828769811960.1087789794330.781360003496-51.17786415922.9663113414323.8181622195
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 76 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 134 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 135 through 166 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 167 through 181 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 4 through 64 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 65 through 84 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 85 through 188 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 2 through 119 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 120 through 152 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 153 through 167 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 168 through 205 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 3 through 119 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 120 through 150 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 151 through 172 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 173 through 255 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 91 through 102 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る