PDB-7rdv: TFH TCR bound to MHC Class II IAd presenting aggrecan epitope

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rdv

タイトル

TFH TCR bound to MHC Class II IAd presenting aggrecan epitope

要素

(H-2 class II histocompatibility antigen, A-D ...) x 2
Aggrecan core peptide
TFH TCR alpha chain
TFH TCR beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immune receptor / MHC class II

機能・相同性

機能・相同性情報

Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / antigen processing and presentation of peptide antigen / MHC class II antigen presentation / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / negative regulation of T cell proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.90006610312 Å

データ登録者

Lim, J.J. / Rossjohn, J. / Reid, H.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TFH TCR bound to MHC Class II IAd presenting aggrecan epitope
著者: Lim, J.J. / Rossjohn, J. / Reid, H.

履歴

登録	2021年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rdv.cif.gz	386 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rdv.ent.gz	264 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rdv_validation.pdf.gz	477.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rdv_full_validation.pdf.gz	486.3 KB	表示
XML形式データ	7rdv_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	7rdv_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/7rdv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1iaoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (13) #204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (7) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (13)
#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (7)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

B: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D beta chain

C: TFH TCR alpha chain

D: TFH TCR beta chain

H: Aggrecan core peptide

ヘテロ分子

94.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

B: H-2 class II histocompatibility antigen, A-D beta chain

H: Aggrecan core peptide

ヘテロ分子

C: TFH TCR alpha chain

D: TFH TCR beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, one TCR molecule was docked atop of one IAd molecule in 1:1 ratio
94.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.562, 102.562, 195.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

-
H-2 class II histocompatibility antigen, A-D ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain 分子量: 20568.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: P04228
#2: タンパク質	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D beta chain 分子量: 21848.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Ab1 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: P01921

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質	TFH TCR alpha chain 分子量: 23023.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質	TFH TCR beta chain 分子量: 26829.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 10分子 H

#5: タンパク質・ペプチド

Aggrecan core peptide

分子量: 1367.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACAN, AGC1, CSPG1, MSK16
発現宿主:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#7: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M Sodium Cacodylate pH6.0 15% w/v PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→49.61 Å / Num. obs: 27175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 84.7305946915 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / R_merge(I) obs: 1.209 / Num. unique obs: 4340 / CC_1/2: 0.721

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iao

1iao

解像度: 2.90006610312→49.6061030837 Å / SU ML: 0.373710102351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33788053909 / 位相誤差: 26.6607591971
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264506084445	1359	5.0099535501 %
R_work	0.237312668179	25767	-
obs	0.238629382303	27126	99.9742011573 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 100.950775646 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.90006610312→49.6061030837 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6045	0	0	7	6052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00230910723884	6204
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.556779257177	8477
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437906465098	942
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00389299231171	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5206488943	3648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9001-3.0037	0.356367864644	125	0.331460095202	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0037-3.1239	0.337495407313	145	0.308127089162	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1239-3.2661	0.29550081717	123	0.313502154027	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2661-3.4383	0.357361703282	136	0.277469744168	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4383-3.6536	0.254440467811	151	0.251068797221	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6536-3.9356	0.257603920956	149	0.251159627368	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.9263080324
3.9356-4.3314	0.254732394168	137	0.227085548405	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.9627699181
4.3314-4.9577	0.236708604403	129	0.195929713884	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.9262808699
4.9577-6.2443	0.237041692901	139	0.216912174558	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2443-49.6	0.261648437665	125	0.228276838157	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.9311057527

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.91915530996	-0.670965906985	4.12497167637	2.64466999687	-2.2374668022	4.64236048684	0.848760709491	0.435285671	-0.169688266767	-0.620345077232	-0.615194850811	-0.434985167136	0.389617945784	0.59852608382	-0.23984248267	0.925374879465	0.229761285553	0.343232414415	0.624841380738	0.073676963933	1.05514578426	-34.360249664	5.12554896718	20.5706556077
2	2.29423444309	1.42310306876	-1.55198268228	4.26774830715	-0.484346321436	4.66174560469	0.612714308034	0.174872552427	0.833568760992	-1.27868896602	-0.578275998268	0.401403913555	-1.04557521011	0.405750371568	-0.119509767263	1.65040972556	0.340174597833	0.339998593699	0.712990211478	0.155060335313	1.0644780074	-36.1529264742	16.6879857234	17.397090125
3	8.50705432653	-2.89407529139	-4.23278147702	6.8439752266	5.86474028414	5.48827391545	0.0377568497203	-0.758627508625	0.0868712112033	-0.195221803351	0.270369460239	-0.40927289095	-0.175713384356	0.40991881686	0.136625343594	0.807104813441	0.1387467804	0.100236264381	0.381176195118	0.102979229344	0.65075784971	-33.2853195733	3.94321932016	33.9662246071
4	2.71026039568	0.527065457416	-0.743550104666	5.82022264815	-2.46976928222	5.64357930468	-0.464715642649	0.082316568991	-0.196614840148	-1.11737914433	-0.39215931164	-1.55164044031	0.0425683371358	1.52277197752	0.737545313511	1.17897774709	-0.0109223149641	0.431001304068	1.25032494129	0.203185154038	1.1725511823	-18.101331384	7.84613761046	11.3582699145
5	5.30683832457	-0.437281194434	-0.132606412003	1.91385289087	-0.624731933324	5.93620195416	-0.0651595832055	0.492243627742	-0.307273936103	-0.756648215802	-0.349334396338	-0.817616032302	-0.601878001305	1.31105660732	0.337705272747	1.5086014476	0.279793286856	0.704543826722	1.3145019748	0.298188879213	1.27690027158	-19.9909941756	8.6616132842	9.41991846002
6	-0.0628252869438	-0.559608622804	0.0496647517553	5.15564615184	-0.263744517901	0.0452026259973	-1.08500865483	-0.588419959856	-0.254757856798	0.267550440115	0.158313250848	-0.966351954715	0.920621197913	-1.56165464006	0.844842166432	0.934949769221	0.154444497866	0.315910807842	1.63880397945	0.276421734226	1.16199860524	-10.7476598441	4.40406817795	9.64490549718
7	3.66135647555	-0.469476671849	-0.443057362064	1.8109833393	-0.165461324242	1.74701283865	0.0182483757689	0.0376646701137	-0.506574045793	0.0164590113236	-0.110106426612	-0.00984014158005	0.164308656252	0.0763242469046	0.154221785455	0.861044676911	0.286190516396	0.139795951649	0.541226562363	0.0363720426212	0.769920619419	-39.7893228697	-5.61352336132	25.2855646759
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9	4.80555031152	-1.18788651021	-3.35808333747	2.64561635024	2.80339429288	4.73018311941	0.236551346326	0.844916463485	-0.211170336801	-1.73067330359	-0.205647029057	-0.436428548664	-0.98007775975	0.0198241184705	0.0855296072663	2.00342757184	0.469501075927	0.395190565971	1.21825696481	0.182685771952	1.0294512756	-32.8331500636	7.24467773485	-8.72505258896
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18	5.87405108417	-2.63279629977	2.84539272825	6.13651221909	-5.2367855359	6.72320424188	0.197061922643	0.135619863309	-0.594618601964	1.29795948211	0.610745951949	1.01547794652	-1.43157774006	0.394394911493	-0.967787240381	1.0620827145	0.210297232166	0.160567924088	0.550816987006	0.0120238822428	0.739851453561	-40.8440524085	2.25632296379	32.49650886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 135 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 181 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 64 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 65 through 84 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 85 through 188 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 2 through 119 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 120 through 152 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 153 through 167 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 168 through 205 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 3 through 119 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 120 through 150 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 151 through 172 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 173 through 255 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resid 91 through 102 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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