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- PDB-7rdt: Structure of human NTHL1 - linker 1 chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdt
タイトルStructure of human NTHL1 - linker 1 chimera
要素Isoform 3 of Endonuclease III-like protein 1
キーワードHYDROLASE / Lyase / DNA Glycosylase
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective NTHL1 substrate processing / Defective NTHL1 substrate binding / : / oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 ...Defective NTHL1 substrate processing / Defective NTHL1 substrate binding / : / oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III-like protein 1 / Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III family signature. / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain ...Endonuclease III-like protein 1 / Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III family signature. / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Endonuclease III-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Carroll, B.L. / Doublie, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01-CA098993 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Caught in motion: human NTHL1 undergoes interdomain rearrangement necessary for catalysis.
著者: Carroll, B.L. / Zahn, K.E. / Hanley, J.P. / Wallace, S.S. / Dragon, J.A. / Doublie, S.
履歴
登録2021年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 3 of Endonuclease III-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2822
ポリマ－27,9301
非ポリマー3521
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.370, 71.680, 86.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Isoform 3 of Endonuclease III-like protein 1 / hNTH1 / Bifunctional DNA N-glycosylase/DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / DNA glycosylase/AP lyase


分子量: 27930.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTHL1, NTH1, OCTS3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P78549-3, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: PEG 6K, Sodium chloride, Tricine,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.05 Å / Num. obs: 28900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 22.48 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1269 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.21 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RDS

7rds


解像度: 2.1→38.05 Å / SU ML: 0.237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.0233
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 2889 10 %
Rwork0.1812 26011 -
obs0.1861 28900 97.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 8 199 1894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00181741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47122373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9667648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.26221290.24391207X-RAY DIFFRACTION94.22
2.13-2.170.29061330.22851222X-RAY DIFFRACTION98.05
2.17-2.210.26981420.22111266X-RAY DIFFRACTION98.95
2.21-2.250.24981360.221253X-RAY DIFFRACTION98.44
2.25-2.30.25661430.21661235X-RAY DIFFRACTION97.73
2.3-2.350.28581350.20581258X-RAY DIFFRACTION97.55
2.35-2.40.2771380.22041221X-RAY DIFFRACTION95.91
2.4-2.460.26851390.20311227X-RAY DIFFRACTION95.19
2.46-2.530.25521380.20781200X-RAY DIFFRACTION95.71
2.53-2.60.24411370.19921283X-RAY DIFFRACTION98.95
2.61-2.690.27061410.18961231X-RAY DIFFRACTION98.63
2.69-2.790.2361410.19961262X-RAY DIFFRACTION98.39
2.79-2.90.23151320.1951201X-RAY DIFFRACTION96.32
2.9-3.030.27461400.19741248X-RAY DIFFRACTION95.99
3.03-3.190.26951360.18631231X-RAY DIFFRACTION97.09
3.19-3.390.25171350.16971246X-RAY DIFFRACTION99.35
3.39-3.650.19971440.1681253X-RAY DIFFRACTION97.97
3.65-4.020.17121270.15191242X-RAY DIFFRACTION95.87
4.02-4.60.19021420.1441238X-RAY DIFFRACTION98.43
4.6-5.780.21711340.15521238X-RAY DIFFRACTION97.17
5.79-38.050.18191470.15291249X-RAY DIFFRACTION97.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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