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万見
- PDB-7rdq: Cryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdq
タイトルCryo-EM structure of Thermus thermophilus reiterative transcription complex with 11nt oligo-G RNA
要素
  • (DNA (31-MER) ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
  • RNA polymerase sigma factor SigA
キーワードTRANSCRIPTION / Thermus thermophilus / transcription initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, Y. / Ebright, R.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural and mechanistic basis of reiterative transcription initiation.
著者: Yu Liu / Libing Yu / Chirangini Pukhrambam / Jared T Winkelman / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Yu Zhang / Bryce E Nickels / Richard H Ebright /
要旨: Reiterative transcription initiation, observed at promoters that contain homopolymeric sequences at the transcription start site, generates RNA products having 5' sequences noncomplementary to the ...Reiterative transcription initiation, observed at promoters that contain homopolymeric sequences at the transcription start site, generates RNA products having 5' sequences noncomplementary to the DNA template. Here, using crystallography and cryoelectron microscopy to define structures, protein-DNA photocrosslinking to map positions of RNAP leading and trailing edges relative to DNA, and single-molecule DNA nanomanipulation to assess RNA polymerase (RNAP)-dependent DNA unwinding, we show that RNA extension in reiterative transcription initiation 1) occurs without DNA scrunching; 2) involves a short, 2- to 3-bp, RNA-DNA hybrid; and 3) generates RNA that exits RNAP through the portal by which scrunched nontemplate-strand DNA exits RNAP in standard transcription initiation. The results establish that, whereas RNA extension in standard transcription initiation proceeds through a scrunching mechanism, RNA extension in reiterative transcription initiation proceeds through a slippage mechanism, with slipping of RNA relative to DNA within a short RNA-DNA hybrid, and with extrusion of RNA from RNAP through an alternative RNA exit.
履歴
登録2021年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24424
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
H: DNA (31-MER) nontemplate strand
G: DNA (31-MER) template strand
I: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,11416
ポリマ－450,8629
非ポリマー2527
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

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DNA (31-MER) ... , 2種, 2分子 HG

#6: DNA鎖 DNA (31-MER) nontemplate strand


分子量: 10331.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA (31-MER) template strand


分子量: 10100.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FI

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 48598.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: sigA, TTHA0532 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SKW1
#8: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3752.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 7分子

#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: reiterative transcription initiation complex with 11nt oligo-G RNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.425 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris hydrochlorideTris-HCl1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMMagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 0.69 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1200 nm
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 0.994 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3424
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.0粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.1.0初期オイラー角割当
11RELION3.1.0最終オイラー角割当
12RELION3.1.0分類
13RELION3.1.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2143284
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 339426 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間
1RIGID BODY FITREAL
2
3
4
5
6
原子モデル構築

Accession code: 4G7H / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 4G7H

4g7h

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
1A1
2B2
3C3
4D4
5E5
6F6
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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