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- PDB-7rdf: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa D-Arginine Dehydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdf
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa D-Arginine Dehydrogenase Y249F co-crystallized in the presence of D-arginine
要素FAD-dependent catabolic D-arginine dehydrogenase DauA
キーワードFLAVOPROTEIN / Flavin versatility / Flavin N5 adduct / 6-OH-FAD / D-arginine Dehydrogenase / ligand identity
機能・相同性
機能・相同性情報


D-arginine dehydrogenase / D-amino-acid dehydrogenase activity / arginine metabolic process / L-arginine catabolic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4R2 / 6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / FAD-dependent catabolic D-arginine dehydrogenase DauA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Reis, R.A.G. / Iyer, A. / Agniswamy, A. / Weber, I.T. / Gadda, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1506518 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a new flavin N5-adduct in a tyrosine to phenylalanine variant of d-Arginine dehydrogenase.
著者: Iyer, A. / Reis, R.A.G. / Agniswamy, J. / Weber, I.T. / Gadda, G.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-dependent catabolic D-arginine dehydrogenase DauA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6917
ポリマ－40,5951
非ポリマー2,0976
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.010, 76.330, 76.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FAD-dependent catabolic D-arginine dehydrogenase DauA / D-arginine dehydrogenase / DADH / D-arginine utilization protein A / Dau


分子量: 40594.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: dauA, PA3863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXE3, D-arginine dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 408分子

#2: 化合物 ChemComp-4R2 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{S})-5-[5-[(~{E})-4-carbamimidamidobut-2-enoyl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1~{H}-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 912.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H42N12O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-6FA / 6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 6-OH-FAD


分子量: 801.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % / 解説: Green-colored pyramidal crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 13% (w/v) PEG 3350, 6% (w/v) PEG 6000, 20 mM TRIS-Cl, pH 7.0, 10% glycerol, 5 mM D-arginine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→47.28 Å / Num. obs: 86350 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 11.94 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.03159 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 16.35
反射 シェル解像度: 1.29→1.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.1497 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 11210 / CC1/2: 0.906 / Rsym value: 0.0357

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NYE

3nye


解像度: 1.29→40.19 Å / SU ML: 0.0926 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.3488
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1565 4206 4.87 %
Rwork0.1262 82074 -
obs0.1278 86280 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→40.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2857 0 141 402 3400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91034865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8062569
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.29-1.310.1855810.16842188X-RAY DIFFRACTION78.73
1.31-1.320.20241040.14522360X-RAY DIFFRACTION84.1
1.32-1.340.16591060.13172491X-RAY DIFFRACTION89.27
1.34-1.360.14211470.11912641X-RAY DIFFRACTION95.54
1.36-1.380.15241480.12132666X-RAY DIFFRACTION96.6
1.38-1.390.15361070.11742774X-RAY DIFFRACTION97.99
1.39-1.410.17251320.11772733X-RAY DIFFRACTION99.03
1.41-1.430.16991400.12182741X-RAY DIFFRACTION98.97
1.43-1.460.14921510.11572731X-RAY DIFFRACTION98.7
1.46-1.480.16371530.10782743X-RAY DIFFRACTION98.74
1.48-1.510.13261200.10362767X-RAY DIFFRACTION98.94
1.51-1.530.15981570.10322743X-RAY DIFFRACTION99.18
1.53-1.560.13631430.09662768X-RAY DIFFRACTION99.32
1.56-1.60.12891330.09772779X-RAY DIFFRACTION99.35
1.6-1.630.13841490.10362760X-RAY DIFFRACTION99.39
1.63-1.670.1411490.10972768X-RAY DIFFRACTION99.29
1.67-1.710.15971380.10882774X-RAY DIFFRACTION99.52
1.71-1.760.13861500.10832758X-RAY DIFFRACTION99.66
1.76-1.810.13741700.11282762X-RAY DIFFRACTION99.76
1.81-1.870.15621460.11682813X-RAY DIFFRACTION99.76
1.87-1.930.14561440.11732784X-RAY DIFFRACTION99.69
1.93-2.010.14081320.11932814X-RAY DIFFRACTION99.93
2.01-2.10.13621410.12512794X-RAY DIFFRACTION99.86
2.1-2.210.15191360.12732858X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.350.14981550.13292789X-RAY DIFFRACTION99.97
2.35-2.530.16191390.13582835X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.790.18081420.1412868X-RAY DIFFRACTION100
2.79-3.190.15621670.14032834X-RAY DIFFRACTION99.97
3.19-4.020.16051770.12382861X-RAY DIFFRACTION99.41
4.02-40.190.1791490.14592877X-RAY DIFFRACTION95.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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