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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rcf | ||||||||||||
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タイトル | Fourth stage reengineered variant of I-OnuI with stability enhancing substitutions | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / meganuclease / gene editing / protein engineering / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.233 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ubilla-Rodriguez, N.C. / Werther, R.A. / Stoddard, B.L. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Characterization of the stepwise engineering and optimization of a retargeted DNA binding protein and gene-editing meganuclease 著者: Werther, R.A. / Ubilla-Rodriguez, N.C. / Smiley, A.T. / Havens, K. / Lambert, A.R. / Stoddard, B.L. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rcf.cif.gz | 108.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rcf.ent.gz | 74.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rcf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rcf_validation.pdf.gz | 445.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rcf_full_validation.pdf.gz | 447.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rcf_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rcf_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rcf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35026.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 8064.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 7917.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 5種, 91分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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配列の詳細 | The wild type homing endonuclease was extensively engineered to generate I-OnuI_e-hPD1-e. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 200mM ammonium sulfate, 35% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.999993 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999993 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 23064 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 27.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.814 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 282390 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QQY 解像度: 2.233→37.383 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.61 Å2 / Biso mean: 28.0081 Å2 / Biso min: 10.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.233→37.383 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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