[日本語] English
万見
- PDB-7rca: Crystal structure of Aro2p chorismate synthase from Candida lusitaniae -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rca
タイトルCrystal structure of Aro2p chorismate synthase from Candida lusitaniae
要素Chorismate synthase
キーワードLYASE / Candida / chorimsate / 5-O-(1-carboxyvinyl)-3-phosphoshikimate / alpha/beta protein / Structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate synthase / chorismate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase signature 2. / Chorismate synthase / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / Chorismate synthase / Chorismate synthase signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Clavispora lusitaniae (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Aro2p chorismate synthase from Candida lusitaniae
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1144
ポリマ－40,9471
非ポリマー1673
水2,792155
1
A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子

A: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,45616
ポリマ－163,7884
非ポリマー66812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area27820 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area45830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.086, 94.086, 84.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

CL

-
要素

#1: タンパク質 Chorismate synthase


分子量: 40947.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clavispora lusitaniae (菌類) / 遺伝子: Aro2 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A202G8T3, chorismate synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.2, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→30 Å / Num. obs: 17965 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 44.85 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.147 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 726 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.357 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1r53

1r53


解像度: 2.26→29.83 Å / SU ML: 0.2822 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.1785
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 1693 10.02 %RANDOM
Rwork0.1997 15195 --
obs0.205 16888 92.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2751 0 7 155 2913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59973800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.77811067
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.330.3188930.2734897X-RAY DIFFRACTION66.4
2.33-2.410.30911270.25361091X-RAY DIFFRACTION82.13
2.41-2.490.31521300.24391216X-RAY DIFFRACTION89.79
2.49-2.590.30131410.24631202X-RAY DIFFRACTION90.44
2.59-2.710.30811390.24691250X-RAY DIFFRACTION92.79
2.71-2.850.31581440.23541295X-RAY DIFFRACTION95.61
2.85-3.030.28691470.23211323X-RAY DIFFRACTION96.46
3.03-3.260.30831450.22341319X-RAY DIFFRACTION97.41
3.26-3.590.25731510.19121354X-RAY DIFFRACTION98.95
3.59-4.110.21981530.16491362X-RAY DIFFRACTION98.7
4.11-5.170.20921550.16071399X-RAY DIFFRACTION99.87
5.18-29.830.23011680.20091487X-RAY DIFFRACTION99.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.27651040416-2.33213358494-2.648286770178.163365129441.317899872293.25312331265-0.06836172637780.9061440106090.206849655018-0.7520533124730.0196376643124-0.2651993154870.0239010408075-0.0539321976860.2748688926610.3155656192190.0245198882934-0.02911462289710.3254957526150.003887861054260.4447866578313.37874840475.34935893845-1.26820562485
20.55771409845-0.8305253162981.167590431374.67452440964-1.954772454317.742795640970.03575966646380.03385698133220.144416605080.0911211180322-0.17677309625-0.692175250353-0.3015680948780.6538561591170.07987740014410.3343340896-0.0667295282874-0.1000226746890.3579018230440.00414383448920.57681367784622.65802237269.740089656688.81479208885
36.42403338511-2.72139827254-2.940402159154.084767998491.449055526073.291565792640.0954195195240.4283024532640.27641850956-0.4448072027750.0182599751283-0.185342246122-0.3892589563290.475405112979-0.082939232620.379066653862-0.0397169458404-0.06921544060760.457622636866-0.03850610957840.48868551038319.099001675913.91136550614.14054376083
41.61121961199-0.1859740234030.6933843194611.340735919940.04577938908171.53996245830.00752441569630.0527159840297-0.0256616526496-0.034147191834-0.0384476269513-0.3281757146680.02936433610660.441005906780.04162880511130.3382252732870.0185457897732-0.007584262905330.3770608698430.0336849931640.51357600658526.4919601691-8.259112624083.59525493171
53.155245605591.20565511996-2.393283986124.23310257839-3.012088130335.53211797197-0.0602906305999-0.673504972168-0.2378540956360.460064857360.0405497101796-0.2160661538170.1493934973130.3564271560370.01600602467020.3540923449820.0484902974226-0.1063820053550.4334590976960.04980663224830.47085452445115.6111917027-20.202232996112.9551593284
62.12847895672-0.655999112621-1.106383550351.447051491310.8774136097161.66195937854-0.01289943875530.06511746782290.00679446356-0.161962687540.0183017867745-0.335866449307-0.06724070463060.177877123259-0.06508374495930.3660472085260.0135857116555-0.03881645032710.3557550455070.04436248171930.46216603028820.1347813929-7.288266436940.969352605564
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 19 )-1 - 191 - 21
22chain 'A' and (resid 20 through 65 )20 - 6522 - 58
33chain 'A' and (resid 66 through 96 )66 - 9659 - 83
44chain 'A' and (resid 97 through 237 )97 - 23784 - 224
55chain 'A' and (resid 238 through 291 )238 - 291225 - 278
66chain 'A' and (resid 292 through 376 )292 - 376279 - 363

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る