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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rc7 | ||||||
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タイトル | Solution NMR Structure of [Ala19]Crp4 | ||||||
要素 | Alpha-defensin 4Alpha defensin | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / Cryptdin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / アズール顆粒 / 小胞 / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide ...pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / アズール顆粒 / 小胞 / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / protein homodimerization activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Conibear, A.C. / Rosengren, K.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Peptide Science / 年: 2022 タイトル: A conserved beta-bulge glycine residue facilitates folding and increases stability of the mouse alpha-defensin cryptdin-4 著者: Clark, R.J. / Phan, T.H. / Song, A. / Ouellette, A.J. / Conibear, A.C. / Rosengren, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rc7.cif.gz | 202.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rc7.ent.gz | 170.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rc7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rc7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7rc8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3785.636 Da / 分子数: 1 / 変異: G19A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P28311 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 mM / Label: Standard 298K / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 |
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代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |