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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rbx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of isocitrate lyase and phosphorylmutase:isocitrate lyase from Brucella melitensis biovar Abortus 2308 bound to itaconic acid | ||||||
要素 | Isocitrase | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / structural genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / brucellosis (ブルセラ症) / Brucellaceae / covalent inhibitor / ITN / substrate analog / ICL / glyoxylate cycle (グリオキシル酸回路) / isocitrate (イソクエン酸) / succinate (コハク酸) / TCA cycle bypass / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Brucella abortus (ウシ流産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021 タイトル: Aconitate decarboxylase 1 participates in the control of pulmonary Brucella infection in mice. 著者: Demars, A. / Vitali, A. / Comein, A. / Carlier, E. / Azouz, A. / Goriely, S. / Smout, J. / Flamand, V. / Van Gysel, M. / Wouters, J. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Machelart, A. / ...著者: Demars, A. / Vitali, A. / Comein, A. / Carlier, E. / Azouz, A. / Goriely, S. / Smout, J. / Flamand, V. / Van Gysel, M. / Wouters, J. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Machelart, A. / Hoffmann, E. / Brodin, P. / De Bolle, X. / Muraille, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rbx.cif.gz | 690.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rbx.ent.gz | 567.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rbx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/7rbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/7rbx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3eolS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 49139.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brucella abortus (strain 2308) (ウシ流産菌) 株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1631 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YQA0, isocitrate lyase |
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-非ポリマー , 5種, 1606分子
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-ITN / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: BrabA.00014.a.A1.PW38950 at 25.5 mg/mL with 2.5 mM itaconic acid and 2.5 mM MgCl2 against MCSG1 screen condition G8: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 supplemented with ...詳細: BrabA.00014.a.A1.PW38950 at 25.5 mg/mL with 2.5 mM itaconic acid and 2.5 mM MgCl2 against MCSG1 screen condition G8: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant; crystal tracking ID 321126g8, unique puck ID qrt6-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→47.59 Å / Num. obs: 175674 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.833 % / Biso Wilson estimate: 25.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 14.83 / Num. measured all: 1200309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3eol 解像度: 1.8→47.59 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.8 Å2 / Biso mean: 31.1116 Å2 / Biso min: 15.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→47.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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