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- PDB-7rbx: Crystal structure of isocitrate lyase and phosphorylmutase:isocit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rbx | ||||||
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Title | Crystal structure of isocitrate lyase and phosphorylmutase:isocitrate lyase from Brucella melitensis biovar Abortus 2308 bound to itaconic acid | ||||||
![]() | Isocitrase | ||||||
![]() | LYASE/LYASE INHIBITOR / structural genomics / NIAID / brucellosis / Brucellaceae / covalent inhibitor / ITN / substrate analog / ICL / glyoxylate cycle / isocitrate / succinate / TCA cycle bypass / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() isocitrate lyase / glyoxysome / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Aconitate decarboxylase 1 participates in the control of pulmonary Brucella infection in mice. Authors: Demars, A. / Vitali, A. / Comein, A. / Carlier, E. / Azouz, A. / Goriely, S. / Smout, J. / Flamand, V. / Van Gysel, M. / Wouters, J. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Machelart, A. / ...Authors: Demars, A. / Vitali, A. / Comein, A. / Carlier, E. / Azouz, A. / Goriely, S. / Smout, J. / Flamand, V. / Van Gysel, M. / Wouters, J. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Machelart, A. / Hoffmann, E. / Brodin, P. / De Bolle, X. / Muraille, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 75.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 111 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3eolS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 49139.258 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 2308 / Gene: BAB1_1631 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1606 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ITN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ITN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-ITN / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: BrabA.00014.a.A1.PW38950 at 25.5 mg/mL with 2.5 mM itaconic acid and 2.5 mM MgCl2 against MCSG1 screen condition G8: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 supplemented with ...Details: BrabA.00014.a.A1.PW38950 at 25.5 mg/mL with 2.5 mM itaconic acid and 2.5 mM MgCl2 against MCSG1 screen condition G8: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant; crystal tracking ID 321126g8, unique puck ID qrt6-6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→47.59 Å / Num. obs: 175674 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.833 % / Biso Wilson estimate: 25.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 14.83 / Num. measured all: 1200309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3eol Resolution: 1.8→47.59 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.22 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.8 Å2 / Biso mean: 31.1116 Å2 / Biso min: 15.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→47.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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