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万見
- PDB-7rb4: Crystal structure of Peptono Toxin, a diphtheria toxin homolog, f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rb4
タイトルCrystal structure of Peptono Toxin, a diphtheria toxin homolog, from Seinonella peptonophila
要素Diphtheria toxin, C domain
キーワードTOXIN / diphtheria toxin / DT / homolog / Seinonella peptonophila
機能・相同性Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / IODIDE ION / Diphtheria toxin, C domain
機能・相同性情報
生物種Seinonella peptonophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Sugiman-Marangos, S.N. / Gill, S.K. / Melnyk, R.A.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structures of distant diphtheria toxin homologs reveal functional determinants of an evolutionarily conserved toxin scaffold.
著者: Sugiman-Marangos, S.N. / Gill, S.K. / Mansfield, M.J. / Orrell, K.E. / Doxey, A.C. / Melnyk, R.A.
履歴
登録2021年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphtheria toxin, C domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,74527
ポリマ－67,4451
非ポリマー3,30026
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.653, 82.456, 91.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Diphtheria toxin, C domain


分子量: 67445.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Seinonella peptonophila (バクテリア)
遺伝子: SAMN05444392_1116 / プラスミド: Champion pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nico(DE3) / 参照: UniProt: A0A1M4ZWA4
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1 uL SPT (15.8 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl) and 1 uL mother liquor (100 mM potassium iodide, 22% PEG3350) dehydrated over 200 uL of mother liquor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 2 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.185→59.291 Å / Num. obs: 28929 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.185→2.192 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Num. unique obs: 168 / CC1/2: 0.663 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.69 / % possible all: 54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.05data processing
autoPROC1.05データ削減
autoPROC1.05データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122+SVN位相決定
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→59.29 Å / SU ML: 0.2247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 24.6688
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 1462 5.05 %
Rwork0.2012 27465 -
obs0.2024 28814 92.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→59.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4662 0 26 392 5080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00184768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48856496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425739
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.91581734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.260.3201790.27171724X-RAY DIFFRACTION59.04
2.26-2.350.2751920.26992258X-RAY DIFFRACTION75.73
2.35-2.460.3121630.26642771X-RAY DIFFRACTION95.79
2.46-2.590.27731760.24532834X-RAY DIFFRACTION97.63
2.59-2.750.25651290.2382950X-RAY DIFFRACTION99.23
2.75-2.970.28941380.24242916X-RAY DIFFRACTION99.06
2.97-3.260.23811510.21872945X-RAY DIFFRACTION99.36
3.26-3.740.24141660.18152966X-RAY DIFFRACTION99.87
3.74-4.710.18451750.15122987X-RAY DIFFRACTION99.97
4.71-59.290.15881930.16743114X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7349180701780.4773831371920.02211240185071.71483452404-0.08696136418450.7762046751580.0552762986913-0.135760014675-0.09183167534810.193490397068-0.0437383404844-0.0664152362459-0.00366168099007-0.077797379655-0.01257617745580.1713299937280.022318305047-0.01051131598940.2122966318410.006026835756320.1394759938515.396044679922.956184273865.7936605933
21.770180730190.682388921377-0.2104688144564.31974310570.4666258237753.03107380114-0.1332066427560.2801560576380.260477114926-0.2282783527450.07354420109590.064339528734-0.3771183412260.09080038840560.05340771272440.2198978431670.0162972011628-0.004874108921460.1546281331380.02306736709980.16509945392226.592720358158.076026975651.8906221417
30.7040494928890.923554384210.1417689837522.74624847060.5215350437510.830432317482-0.004064234843680.0569298078888-0.01739127887980.06122293580780.03675000417380.0322586744401-0.0183768356899-0.0324617427301-0.02617235665730.1213048819540.03266754523570.003684956913880.1771979754920.0004314873122550.12112662424420.310171087733.465197492850.1361542275
42.286631438211.540589934920.2210214429432.6342141498-0.5010091385242.38818758825-0.1882030969730.296457589028-0.0484590614793-0.3511063993530.1384973665470.0721781191555-0.0901622212239-0.09024110671210.03104299808610.1175814434810.03446437302870.01013957233610.203095556386-0.01772029172470.13853812703514.045184539425.077597566638.8946764932
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 271 )4 - 2711 - 268
22chain 'A' and (resid 272 through 365 )272 - 365269 - 362
33chain 'A' and (resid 366 through 536 )366 - 536363 - 533
44chain 'A' and (resid 537 through 606 )537 - 606534 - 603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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