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Yorodumi- PDB-7ri3: Crystal structure of Albireti Toxin, a diphtheria toxin homolog, ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ri3 | ||||||
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Title | Crystal structure of Albireti Toxin, a diphtheria toxin homolog, from Streptomyces albireticuli | ||||||
Components | Diphtheria_T domain-containing protein | ||||||
Keywords | TOXIN / diphtheria toxin / DT / homolog / Streptomyces albireticuli | ||||||
Function / homology | Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / toxin activity / extracellular space / ACETATE ION / Diphtheria_T domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces albireticuli (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.69 Å | ||||||
Authors | Sugiman-Marangos, S.N. / Gill, S.K. / Melnyk, R.A. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2022 Title: Structures of distant diphtheria toxin homologs reveal functional determinants of an evolutionarily conserved toxin scaffold. Authors: Sugiman-Marangos, S.N. / Gill, S.K. / Mansfield, M.J. / Orrell, K.E. / Doxey, A.C. / Melnyk, R.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ri3.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ri3.ent.gz | 747.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ri3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/7ri3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/7ri3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7rb4C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 64324.578 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces albireticuli (bacteria) / Gene: CK936_18545 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): NiCo21(DE3) / References: UniProt: A0A2A2D7J4 #2: Chemical | ChemComp-PG4 / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 10 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate hydrate, 20% PEG3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.97951 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2018 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97951 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.687→200 Å / Num. obs: 83962 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 49.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.196 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.687→2.696 Å / Redundancy: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.435 / Num. unique obs: 803 / CC1/2: 0.833 / Rpim(I) all: 0.383 / Rrim(I) all: 1.486 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.69→60.8 Å / SU ML: 0.357 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.2647 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.69→60.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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