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- PDB-7rad: Crystal Structure Analysis of ALDH1B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rad
タイトルCrystal Structure Analysis of ALDH1B1
要素Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / mitochondrial metabolism / pancreas cancer / colorectal cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-ZGJ / Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fernandez, D. / Chen, J.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127030 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM113100 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Inhibitors targeted to aldehyde dehydrogenase
著者: Fernandez, D.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,09016
ポリマ－109,4282
非ポリマー2,66214
水1,71195
1
A: Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial
B: Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,18132
ポリマ－218,8564
非ポリマー5,32528
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area29240 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area56460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.127, 101.127, 185.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-738-

HOH

21B-729-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aldehyde dehydrogenase X, mitochondrial / Aldehyde dehydrogenase 5 / Aldehyde dehydrogenase family 1 member B1


分子量: 54714.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1B1, ALDH5, ALDHX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30837, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

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非ポリマー , 5種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZGJ / 3-(2-methoxyphenyl)-1-(4-phenylphenyl)-6,7,8,9-tetrahydro-5~{H}-imidazo[1,2-a][1,3]diazepine


分子量: 396.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Glycerol, ethyleneglycol, bicine/tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日 / 詳細: Flat side-deflecting, Rh-coated Si mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→87.579 Å / Num. obs: 48771 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.172 / Rsym value: 0.16 / Net I/av σ(I): 2.5 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.311-2.4281.0890.770130.4091.1661.089100
2.42-2.577.60.769166710.2960.8260.769100
2.57-2.758.70.5261.462570.190.560.526100
2.75-2.978.50.3472.158610.1270.3710.347100
2.97-3.258.20.218354060.0820.2340.218100
3.25-3.647.50.1573.848950.0630.170.15799.7
3.64-4.28.60.1284.243510.0470.1370.128100
4.2-5.148.60.1234.337070.0460.1310.123100
5.14-7.277.60.1194.329120.0470.1290.11999.5
7.27-46.388.10.1174.516980.0440.1260.11799.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3n80

3n80


解像度: 2.3→30.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.171 / SU ML: 0.213 / SU R Cruickshank DPI: 0.3435 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2598 2484 5.1 %RANDOM
Rwork0.1973 ---
obs0.2005 46140 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.54 Å2 / Biso mean: 56.079 Å2 / Biso min: 31.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20.71 Å2-0 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----4.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→30.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7638 0 182 95 7915
Biso mean--59 53.6 -
残基数----986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.97710853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.962317253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6245984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1724.286364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.938151275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7751548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021868
LS精密化 シェル解像度: 2.311→2.371 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 185 -
Rwork0.302 3286 -
all-3471 -
obs--98.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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