[日本語] English
万見
- PDB-7rac: Crystal structure of a dodecameric multicopper oxidase from M. hy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rac
タイトルCrystal structure of a dodecameric multicopper oxidase from M. hydrothermalis in an orthorhombic lattice
要素multicopper oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / multicopper oxidase thermophile dodecamer laccase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Marinithermus hydrothermalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Georgiadis, M.M. / Ogata, C.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of a dodecameric multicopper oxidase from Marinithermus hydrothermalis.
著者: Paavola, J.L. / Battistin, U. / Ogata, C.M. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2021年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: multicopper oxidase
B: multicopper oxidase
C: multicopper oxidase
D: multicopper oxidase
E: multicopper oxidase
F: multicopper oxidase
G: multicopper oxidase
H: multicopper oxidase
I: multicopper oxidase
J: multicopper oxidase
K: multicopper oxidase
L: multicopper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,90475
ポリマ－473,09712
非ポリマー4,80663
水28,2111566
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein elutes from gel filtration column at a size of ~ 200 kDa, larger than expected for a trimer and smaller than a hexamer. Dodecamer is seen in two distinct crystal ...根拠: gel filtration, Protein elutes from gel filtration column at a size of ~ 200 kDa, larger than expected for a trimer and smaller than a hexamer. Dodecamer is seen in two distinct crystal lattices obtained from completely different precipitant solutions.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.304, 176.193, 176.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
multicopper oxidase


分子量: 39424.773 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinithermus hydrothermalis (バクテリア)
遺伝子: Marky_0543 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2NNS0, laccase
#2: 化合物...
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物...
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M Bis-Tris 6.5, 45% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→176.95 Å / Num. obs: 216725 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 23.05 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 2933251 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.36-2.412.60.751134625106550.9020.220.7833.9100
12.93-176.9511.80.0831779315030.9970.0250.08721.799.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: M. hydrothermalis MCO

解像度: 2.36→61.039 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1771 10721 4.95 %
Rwork0.1386 205834 -
obs0.1405 216555 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.82 Å2 / Biso mean: 22.4281 Å2 / Biso min: 6.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→61.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28992 0 217 1570 30779
Biso mean--40.43 26.97 -
残基数----3588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00730425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89541547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.77923964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0574187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065498
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.36-2.38680.25323440.17986812
2.3868-2.41490.25213190.17996842
2.4149-2.44440.23753530.16856805
2.4444-2.47530.22633900.16456749
2.4753-2.50790.23293080.16956784
2.5079-2.54220.23233520.17016826
2.5422-2.57850.23133370.16736872
2.5785-2.6170.23252770.15856868
2.617-2.65790.21223260.1566852
2.6579-2.70150.22863530.15836785
2.7015-2.74810.20463920.166820
2.7481-2.79810.20113380.15696826
2.7981-2.85190.20883920.15646773
2.8519-2.91010.19813730.15826825
2.9101-2.97340.2184180.16096757
2.9734-3.04250.18383160.1496881
3.0425-3.11860.17543040.14666862
3.1186-3.20290.18473370.14236895
3.2029-3.29720.1683490.13676845
3.2972-3.40360.18083560.13346870
3.4036-3.52520.16743400.13166848
3.5252-3.66630.15743550.12466880
3.6663-3.83320.14723830.11276853
3.8332-4.03520.13474440.10356792
4.0352-4.2880.12924050.10316867
4.288-4.6190.1293750.09676894
4.619-5.08360.13024360.10726850
5.0836-5.81870.17563620.14236988
5.8187-7.3290.19863190.15247066
7.329-61.0390.17873680.16517247

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る