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- PDB-7ra0: LC3A in complex with Fragment 2-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ra0
タイトルLC3A in complex with Fragment 2-10
要素Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
キーワードHYDROLASE / mAtg8 / autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to oxygen-glucose deprivation / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / SMAD protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / response to iron(II) ion / autolysosome / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / p38MAPK cascade ...cellular response to oxygen-glucose deprivation / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / SMAD protein signal transduction / phosphatidylethanolamine binding / response to iron(II) ion / autolysosome / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / p38MAPK cascade / organelle membrane / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / JNK cascade / cellular response to copper ion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / macroautophagy / response to lead ion / phospholipid binding / cellular response to hydrogen peroxide / late endosome / microtubule binding / microtubule / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(5-ethyl-2-methyl-1H-indol-3-yl)acetic acid / Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Rouge, L. / Steffek, M. / Helgason, E. / Dueber, E. / Mulvihill, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: A Multifaceted Hit-Finding Approach Reveals Novel LC3 Family Ligands.
著者: Steffek, M. / Helgason, E. / Popovych, N. / Rouge, L. / Bruning, J.M. / Li, K.S. / Burdick, D.J. / Cai, J. / Crawford, T. / Xue, J. / Decurtins, W. / Fang, C. / Grubers, F. / Holliday, M.J. / ...著者: Steffek, M. / Helgason, E. / Popovych, N. / Rouge, L. / Bruning, J.M. / Li, K.S. / Burdick, D.J. / Cai, J. / Crawford, T. / Xue, J. / Decurtins, W. / Fang, C. / Grubers, F. / Holliday, M.J. / Langley, A. / Petersen, A. / Satz, A.L. / Song, A. / Stoffler, D. / Strebel, Q. / Tom, J.Y.K. / Skelton, N. / Staben, S.T. / Wichert, M. / Mulvihill, M.M. / Dueber, E.C.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7253
ポリマ－14,2901
非ポリマー4352
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.622, 93.622, 32.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A / Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 A / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 A / MAP1 light chain 3-like protein 1 / MAP1A/MAP1B light chain 3 A / MAP1A/MAP1B LC3 A / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 alpha


分子量: 14290.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H492
#2: 化合物 ChemComp-2JI / (5-ethyl-2-methyl-1H-indol-3-yl)acetic acid


分子量: 217.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium formate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→93.62 Å / Num. obs: 30883 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 19.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 1.36→1.38 Å / Rmerge(I) obs: 1.217 / Num. unique obs: 3046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WAL

3wal


解像度: 1.36→33.1 Å / SU ML: 0.1367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.0043
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 2004 6.49 %
Rwork0.1926 28879 -
obs0.1931 30883 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→33.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数957 0 32 114 1103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00541031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8881397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0854149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2104405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.390.32241410.29722056X-RAY DIFFRACTION99.95
1.39-1.430.25241410.26982034X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.470.27151420.24792048X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.520.24731400.23062036X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.580.20351450.21222068X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.640.23541420.21352028X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.710.22791420.21192068X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.80.22431410.21492050X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.920.21621460.20882057X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.060.19991460.19832075X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.270.21581400.19482040X-RAY DIFFRACTION99.91
2.27-2.60.21281440.2032088X-RAY DIFFRACTION100
2.6-3.280.19961440.19592086X-RAY DIFFRACTION100
3.28-33.10.16941500.16222145X-RAY DIFFRACTION99.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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