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- PDB-7r9v: Structure of PIK3CA with covalent inhibitor 19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r9v
タイトルStructure of PIK3CA with covalent inhibitor 19
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PI3K / p110 / PIK3CA / PIP3 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / IRS-mediated signalling / cellular response to hydrostatic pressure / autosome genomic imprinting / PI3K events in ERBB4 signaling / Activated NTRK2 signals through PI3K ...response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / IRS-mediated signalling / cellular response to hydrostatic pressure / autosome genomic imprinting / PI3K events in ERBB4 signaling / Activated NTRK2 signals through PI3K / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK3 signals through PI3K / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / vasculature development / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / regulation of cellular respiration / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / anoikis / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / Signaling by LTK in cancer / PI3K events in ERBB2 signaling / relaxation of cardiac muscle / Costimulation by the CD28 family / Signaling by LTK / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / negative regulation of macroautophagy / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / GAB1 signalosome / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR2 / protein kinase activator activity / response to dexamethasone / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of anoikis / intercalated disc / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / insulin receptor substrate binding / regulation of multicellular organism growth / PI3K Cascade / endothelial cell migration / positive regulation of TOR signaling / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / adipose tissue development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / phagocytosis / positive regulation of lamellipodium assembly / Signaling by FGFR4 in disease / cardiac muscle contraction / energy homeostasis / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by FGFR2 in disease / T cell costimulation / response to muscle stretch / Signaling by FLT3 fusion proteins / RAC1 GTPase cycle / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphorylation / Downstream signal transduction / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / liver development / Constitutive Signaling by EGFRvIII / response to activity / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Regulation of signaling by CBL / cellular response to glucose stimulus / regulation of protein phosphorylation / Signaling by SCF-KIT / cellular response to insulin stimulus / platelet activation
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 ...PI3Kalpha, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2Q7 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Burke, J.E. / McPhail, J.A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)168998 カナダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Covalent Proximity Scanning of a Distal Cysteine to Target PI3K alpha.
著者: Borsari, C. / Keles, E. / McPhail, J.A. / Schaefer, A. / Sriramaratnam, R. / Goch, W. / Schaefer, T. / De Pascale, M. / Bal, W. / Gstaiger, M. / Burke, J.E. / Wymann, M.P.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8152
ポリマ－110,1991
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area36440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.060, 134.620, 144.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 110199.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-2Q7 / N-[2-(4-{4-[2-amino-4-(difluoromethyl)pyrimidin-5-yl]-6-(morpholin-4-yl)-1,3,5-triazin-2-yl}piperazin-1-yl)-2-oxoethyl]-1-(prop-2-enoyl)piperidine-4-carboxamide


分子量: 615.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35F2N11O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG6000 8%, 0.6 M sodium formate, 0.1 M CHES pH 9.4, 5 mM TCEP
PH範囲: 9.1-9.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→49.26 Å / Num. obs: 32779 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 89.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06991 / Rpim(I) all: 0.02972 / Rrim(I) all: 0.07611 / Net I/σ(I): 16.49
反射 シェル解像度: 2.69→2.786 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 2.373 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 3221 / CC1/2: 0.465 / CC star: 0.797 / Rpim(I) all: 1.01 / % possible all: 99.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TUU

4tuu


解像度: 2.69→49.26 Å / SU ML: 0.5608 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.2563
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2919 1634 4.99 %
Rwork0.2526 31091 -
obs0.2546 32725 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 114.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→49.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6587 0 44 0 6631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45469242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03721042
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.52732411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.770.51741320.49712496X-RAY DIFFRACTION99.39
2.77-2.860.47821330.43692568X-RAY DIFFRACTION99.63
2.86-2.960.43311350.38052555X-RAY DIFFRACTION99.41
2.96-3.080.3921340.35812542X-RAY DIFFRACTION99.63
3.08-3.220.39221360.36062567X-RAY DIFFRACTION99.85
3.22-3.390.32311340.29382560X-RAY DIFFRACTION99.67
3.39-3.60.30671360.27382584X-RAY DIFFRACTION99.82
3.6-3.880.30791360.24192585X-RAY DIFFRACTION99.93
3.88-4.270.27051370.2352598X-RAY DIFFRACTION99.93
4.27-4.890.25261360.20722621X-RAY DIFFRACTION99.93
4.89-6.150.26231390.23632637X-RAY DIFFRACTION99.71
6.16-49.260.26291460.22262778X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.436305399229-0.3021875029670.3408237592120.253814252268-0.2691886128180.533905432156-0.315281345378-0.01750346465820.17284634325-0.03160010998080.3989028184680.2892786435660.2817791061320.5271325140436.19511694313E-60.8271618842690.0658364034510.1263321104490.7348840797470.1016512142431.0807934644914.7940458679-10.317506906133.4017415037
2-0.02814352119510.697832806327-0.0428088201061.058563628350.4796949650990.563094595979-0.225028752218-0.1324825919020.0923338010873-0.0485004753890.211477641754-0.5321671690370.007863907763050.129778170713-0.01765470916350.762855000291-0.04555757853040.06512017319810.6587844778440.009736073850050.769588005999.7517628218413.771708426930.7609611019
30.9268904865020.1732942405160.09826718183141.771947080860.1232826075891.25482938109-0.2118231716790.188310164691-0.393611618744-0.4065290756050.256939143491-0.6298101007330.02656364838630.1945048146450.002519595981790.763911268487-0.2117663828130.2564076510230.638897454536-0.1822942164010.56352324431612.3252425359-6.429442282074.8618194641
40.949342749091-0.843317805873-0.5160531691450.6578182316420.2376060662820.576271356997-0.0392289108031-0.28684353658-0.6440576030910.107377140035-0.114805211426-0.09892371975450.1851415456240.0164656414275-6.67428580382E-50.691509557074-0.07329937664880.08038709608290.692610870506-0.003346577078040.72846400336-2.95755088592-2.2620830483835.7263858001
50.966344641430.245602775740.5084992085310.1181238833190.02689834759650.3158073323390.0466902523554-0.1915344626260.05360143197650.0990834656011-0.1312024078610.200418609312-0.19323215238-0.3873880135031.87054648206E-50.730896459571-0.03870530230570.05595470810360.843786551512-0.01395702096330.766378475864-9.1068961168511.863038794831.588068901
60.327680024828-0.143255350127-0.2591394842790.104012441844-0.1382169911940.806529891751-0.1238307814870.5178387107960.2226940625870.06706013376170.3636444933890.6798044594320.042413983913-1.026337387251.34103238944E-60.7489731746780.0574766787132-0.004326887099541.101403020560.2360852562081.09487825031-20.829907104720.382990651521.7573434113
70.979721868310.6542696099090.3973413573561.32623685830.3700303988350.550697608453-0.3318445212150.737249812575-0.344734624552-0.7496524405890.630803727942-0.0504727427958-0.23513858735-0.1075664099930.02848913703381.00624446088-0.166356382784-0.2099798476450.9325007145840.1499382389390.505232036046-7.3111084497215.3398706885.84420607644
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 107 through 154 )107 - 1541 - 48
22chain 'A' and (resid 155 through 372 )155 - 37249 - 229
33chain 'A' and (resid 373 through 647 )373 - 647230 - 475
44chain 'A' and (resid 648 through 755 )648 - 755476 - 583
55chain 'A' and (resid 756 through 842 )756 - 842584 - 670
66chain 'A' and (resid 843 through 974 )843 - 974671 - 784
77chain 'A' and (resid 975 through 1045 )975 - 1045785 - 855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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