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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r8u | ||||||
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タイトル | LOX-1 - Structural and Functional Studies of a Receptor Implicated in Atherosclerosis | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Low Density Lipoprotein Receptor Antibody complex LOX-1 Scavenger receptor Atherogenesis-Atherosclerosis Macrophage Cardiovascular disease / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex / inflammatory response / membrane raft / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å | ||||||
データ登録者 | Oganesyan, V. / van Dyk, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Med / 年: 2023 タイトル: Structural and functional studies of a monoclonal antibody blocking LOX-1 著者: Ongstad, E.L. / Gaddipati, R. / Belkhodja, M. / van Dyk, N. / Levy, S. / Sagar, D. / Cariuk, P. / Wolny, M. / Hanna, R.N. / Borrok, M.J. / Buchanan, A. / Oganesyan, V. / Gupta, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r8u.cif.gz | 169.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r8u.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7r8u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/7r8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/7r8u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ypuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15028.069 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular fragment (UNP residues 140-271) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OLR1, CLEC8A, LOX1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P78380 #2: 抗体 | | 分子量: 24764.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 抗体 | | 分子量: 22700.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M 1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, 1 M Tris base, BICINE, pH 8.5, 50% v/v precipitant mix (25% v/v ...詳細: 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M 1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, 1 M Tris base, BICINE, pH 8.5, 50% v/v precipitant mix (25% v/v MPD, 25% PEG1000, 25% w/v PEG3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.19499 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→39.492 Å / Num. obs: 57364 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 1.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 3538 / CC1/2: 0.65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1YPU 解像度: 1.901→39.492 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.399 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.913 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.901→39.492 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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