PDB-7r8u: LOX-1 - Structural and Functional Studies of a Receptor Implicate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r8u

タイトル

LOX-1 - Structural and Functional Studies of a Receptor Implicated in Atherosclerosis

要素

Antibody light chain, kappa
Antigen binding fragment, Vh and Ch1
Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Low Density Lipoprotein Receptor Antibody complex LOX-1 Scavenger receptor Atherogenesis-Atherosclerosis Macrophage Cardiovascular disease / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / tertiary granule membrane / specific granule membrane / immune system process / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Oganesyan, V. / van Dyk, N.

引用

ジャーナル: Commun Med / 年: 2023
タイトル: Structural and functional studies of a monoclonal antibody blocking LOX-1
著者: Ongstad, E.L. / Gaddipati, R. / Belkhodja, M. / van Dyk, N. / Levy, S. / Sagar, D. / Cariuk, P. / Wolny, M. / Hanna, R.N. / Borrok, M.J. / Buchanan, A. / Oganesyan, V. / Gupta, R.

履歴

登録	2021年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r8u.cif.gz	169 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r8u.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r8u_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r8u_full_validation.pdf.gz	462 KB	表示
XML形式データ	7r8u_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	7r8u_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/7r8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/7r8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ypuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (6)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (6)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

BBB: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1

HHH: Antigen binding fragment, Vh and Ch1

LLL: Antibody light chain, kappa

ヘテロ分子

78 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.908, 89.901, 110.925
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Oxidized low-density lipoprotein receptor 1 / Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / ...Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / LOX-1 / Lectin-like oxLDL receptor 1 / hLOX-1 / Lectin-type oxidized LDL receptor 1 分子量: 15028.069 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular fragment (UNP residues 140-271) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OLR1, CLEC8A, LOX1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P78380
#2: 抗体	Antigen binding fragment, Vh and Ch1 分子量: 24764.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体	Antibody light chain, kappa 分子量: 22700.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M 1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, 1 M Tris base, BICINE, pH 8.5, 50% v/v precipitant mix (25% v/v ...詳細: 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M 1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, 1 M Tris base, BICINE, pH 8.5, 50% v/v precipitant mix (25% v/v MPD, 25% PEG1000, 25% w/v PEG3350)

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M 1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol, 1 M Tris base, BICINE, pH 8.5, 50% v/v precipitant mix (25% v/v ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39.492 Å / Num. obs: 57364 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 1.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 3538 / CC_1/2: 0.65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1YPU

1ypu

解像度: 1.901→39.492 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.399 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2181	1175	2.062 %
R_work	0.1861	55817	-
all	0.187	-	-
obs	-	56992	99.509 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.083 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.628 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.711 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→39.492 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5407	0	30	436	5873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5754
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.611	1.64	7869
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.341	1.57	11897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.372	5	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.568	23.16	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.624	15	901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.46	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	4569
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.187	3.738	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.186	3.736	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.395	5.582	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.394	5.584	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.914	4.091	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.913	4.092	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.713	5.97	4237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.713	5.97	4238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.363	43.057	6363
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.362	43.061	6364
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.136	0.05	4038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.901-1.95	0.322	71	0.351	3994	X-RAY DIFFRACTION	96.6247
1.95-2.004	0.333	68	0.282	3957	X-RAY DIFFRACTION	99.5056
2.004-2.062	0.285	104	0.255	3828	X-RAY DIFFRACTION	99.873
2.062-2.125	0.259	71	0.228	3773	X-RAY DIFFRACTION	99.7923
2.125-2.194	0.244	63	0.213	3667	X-RAY DIFFRACTION	99.6261
2.194-2.271	0.279	86	0.243	3510	X-RAY DIFFRACTION	99.695
2.271-2.356	0.256	78	0.215	3412	X-RAY DIFFRACTION	99.8284
2.356-2.452	0.238	65	0.19	3309	X-RAY DIFFRACTION	99.8816
2.452-2.561	0.217	69	0.179	3147	X-RAY DIFFRACTION	99.8758
2.561-2.685	0.225	70	0.186	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.9029
2.685-2.83	0.296	69	0.198	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.8643
2.83-3.001	0.26	54	0.184	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.4328
3.001-3.207	0.221	50	0.18	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.7718
3.207-3.462	0.244	48	0.188	2424	X-RAY DIFFRACTION	99.9192
3.462-3.789	0.201	45	0.173	2234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.789-4.232	0.151	44	0.151	2033	X-RAY DIFFRACTION	100
4.232-4.877	0.172	37	0.138	1802	X-RAY DIFFRACTION	100
4.877-5.951	0.188	37	0.156	1533	X-RAY DIFFRACTION	98.3709
5.951-8.325	0.191	25	0.148	1228	X-RAY DIFFRACTION	99.9203
8.325-39.492	0.174	21	0.126	750	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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