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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r8f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudooceanicola lipolyticus Argonaute | ||||||
![]() | Argonaute | ||||||
![]() | HYDROLASE / argonaute / Ago / DNA guide / RNA cleavage | ||||||
機能・相同性 | nucleic acid binding / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Piwi domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shin, Y. / Murakami, K.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Programmable RNA targeting by bacterial Argonaute nucleases with unconventional guide binding and cleavage specificity. 著者: Lisitskaya, L. / Shin, Y. / Agapov, A. / Olina, A. / Kropocheva, E. / Ryazansky, S. / Aravin, A.A. / Esyunina, D. / Murakami, K.S. / Kulbachinskiy, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88038.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CVM52_05730 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.39 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 8% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9687 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 23413 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.2 % / Rpim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.761 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 2310 / CC1/2: 0.331 / Χ2: 1.051 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.16→49.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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