+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r7z | ||||||
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Title | Crystal structure of QW9-HLA-B*5301 specific T Cell Receptor, C3 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / MHC / T Cell Immunity / Antigen Presentation / HIV | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.286 Å | ||||||
Authors | Li, X.L. / Tan, K.M. / Xu, S.T. / Ng, R. / Walker, B.D. / Wang, J.H. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Molecular basis of differential HLA class I-restricted T cell recognition of a highly networked HIV peptide. Authors: Li, X. / Singh, N.K. / Collins, D.R. / Ng, R. / Zhang, A. / Lamothe-Molina, P.A. / Shahinian, P. / Xu, S. / Tan, K. / Piechocka-Trocha, A. / Urbach, J.M. / Weber, J.K. / Gaiha, G.D. / Takou ...Authors: Li, X. / Singh, N.K. / Collins, D.R. / Ng, R. / Zhang, A. / Lamothe-Molina, P.A. / Shahinian, P. / Xu, S. / Tan, K. / Piechocka-Trocha, A. / Urbach, J.M. / Weber, J.K. / Gaiha, G.D. / Takou Mbah, O.C. / Huynh, T. / Cheever, S. / Chen, J. / Birnbaum, M. / Zhou, R. / Walker, B.D. / Wang, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r7z.cif.gz | 192.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r7z.ent.gz | 150.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r7z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/7r7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/7r7z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7r7vC 7r7wC 7r7xC 7r7yC 7r80C 1ogaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22561.863 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) | ||||||
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#2: Protein | Mass: 27459.508 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-P6G / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.0 M lithium sulfate, 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate/citric acid, pH 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→50 Å / Num. obs: 18393 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 32.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 6.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1OGA Resolution: 2.286→41.336 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 171.44 Å2 / Biso mean: 40.6356 Å2 / Biso min: 12.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.286→41.336 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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