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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r7o | ||||||||||||
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タイトル | Structure of methyltransferase domain of Spb1 boudn to SAM | ||||||||||||
![]() | AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1 | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / ribosome biogenesis / methyltransferase / nucleolus | ||||||||||||
機能・相同性 | S-ADENOSYLMETHIONINE / : ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Cruz, V.E. / Sekulski, K. / Peddada, N. / Erzberger, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Post-catalytic rRNA binding by the DEAD-box ATPase Spb4 and methyltransferase Spb1 guide the late nucleolar assembly of 60S ribosomes 著者: Cruz, V.E. / Sekulski, K. / Peddada, N. / Sailer, C. / Balasubramanian, S. / Weirich, C.S. / Stengel, F. / Erzberger, J.P. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 922.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 929.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6elzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24990.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SPB1, PACBIOSEQ_LOCUS534 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7I9D0Y8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 mM Hepes KOH pH 8 150 mM KCl 0.5 mM TCEP 5% Glycerol 15% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 66501 / % possible obs: 83.08 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 3158 / CC1/2: 0.497 / CC star: 0.815 / Rpim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ELZ 解像度: 1.58→42.42 Å / SU ML: 0.1906 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0965 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→42.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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