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- PDB-7r7j: Crystal structure of RadD with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r7j
タイトルCrystal structure of RadD with ADP
要素Putative DNA repair helicase RadD
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ATPase / SF2
機能・相同性
機能・相同性情報


postreplication repair / response to ionizing radiation / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / translation ...postreplication repair / response to ionizing radiation / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / translation / response to xenobiotic stimulus / cell division / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain ...: / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc-binding ribosomal protein / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative DNA repair helicase RadD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Osorio Garcia, M.A. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. / Cox, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1RM1 GM130450 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2022
タイトル: X-ray crystal structure of the Escherichia coli RadD DNA repair protein bound to ADP reveals a novel zinc ribbon domain.
著者: Osorio Garcia, M.A. / Satyshur, K.A. / Cox, M.M. / Keck, J.L.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA repair helicase RadD
B: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,18310
ポリマ－133,0182
非ポリマー1,1658
水5,152286
1
A: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0915
ポリマ－66,5091
非ポリマー5824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0915
ポリマ－66,5091
非ポリマー5824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.415, 74.449, 109.400
Angle α, β, γ (deg.)84.659, 80.028, 82.769
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA repair helicase RadD


分子量: 66509.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: radD, yejH, yejI, yejJ, b2184, JW2172 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): STL2669(DE3) / 参照: UniProt: P33919, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM potassium chloride, 0.5 mM DTT, 0.5 mM magnesium chloride, 0.5 mM ATPgS, 9% (w/v) PEG 3350, 75 mM sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→45 Å / Num. obs: 79347 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
4.37-453.60.05412.786470.9930.9980.0340.0640.59498.8
2.03-2.12.11.1050.153210.390.7490.811.3780.77760.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.19.1_4122位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DJE

6dje


解像度: 2.03→35.65 Å / SU ML: 0.2928 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 33.5395
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 1812 2.54 %
Rwork0.2364 69417 -
obs0.2373 71229 80.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→35.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8846 0 60 286 9192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60812372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04171374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.15491273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.090.4371850.36182768X-RAY DIFFRACTION42.37
2.09-2.150.3588970.33113560X-RAY DIFFRACTION53.97
2.15-2.220.35941040.32794192X-RAY DIFFRACTION62.95
2.22-2.30.37131170.30594593X-RAY DIFFRACTION70.39
2.3-2.390.36841380.29775163X-RAY DIFFRACTION78.07
2.39-2.50.32031480.28595437X-RAY DIFFRACTION82.74
2.5-2.630.30431430.28235803X-RAY DIFFRACTION87.16
2.63-2.790.3211560.26235952X-RAY DIFFRACTION90.45
2.79-3.010.2641630.256159X-RAY DIFFRACTION93.87
3.01-3.310.25441650.24956361X-RAY DIFFRACTION96.64
3.31-3.790.26351680.22256455X-RAY DIFFRACTION97.37
3.79-4.770.21731690.1916466X-RAY DIFFRACTION98.02
4.77-35.650.24111590.20996508X-RAY DIFFRACTION98.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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