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- PDB-7r7e: Synechococcus Olefin Synthase FAAL domain in complex with AMP and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r7e
タイトルSynechococcus Olefin Synthase FAAL domain in complex with AMP and pyrophosphate
要素Polyketide synthase
キーワードLIGASE / Fatty acid-AMP ligase (FAAL) Olefin synthase Fatty acid binding protein Polyketide
機能・相同性
機能・相同性情報


Actinobacterium-type cell wall biogenesis / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Disco-interacting protein 2-like, AMP domain / Sulfotransferase family / Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / CurL-like, PKS C-terminal / ANL, C-terminal domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / : ...Disco-interacting protein 2-like, AMP domain / Sulfotransferase family / Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / CurL-like, PKS C-terminal / ANL, C-terminal domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / : / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Epoxide hydrolase-like / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / Polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Sikkema, A.P. / Strugis, R.M. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA108874 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118101 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008270 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM138396 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An electrostatic fatty acid selection mechanism by the Olefin Synthase FAAL domain from Synechococcus sp. PCC7002
著者: Sikkema, A.P. / Sturgis, R.M. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
B: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,19710
ポリマ-123,9842
非ポリマー1,2138
11,854658
1
A: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5995
ポリマ-61,9921
非ポリマー6074
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5995
ポリマ-61,9921
非ポリマー6074
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.288, 60.920, 95.929
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.175, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Polyketide synthase


分子量: 61992.133 Da / 分子数: 2 / 断片: FAAL domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
: ATCC 27264 / PCC 7002 / PR-6 / 遺伝子: SYNPCC7002_A1173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B1XKC6, long-chain-fatty-acid-[acyl-carrier-protein] ligase

-
非ポリマー , 5種, 666分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.17-0.21 M NDSB-256 (Dimethylbenzylammonium Propane Sulfonate), 26-33% PEG 3350, 0.19-0.21 M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→29.82 Å / Num. obs: 140435 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 28.25 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 20450 / CC1/2: 0.708 / CC star: 0.991 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LNV
解像度: 1.99→29.82 Å / SU ML: 0.2939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.049
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 3625 2.58 %
Rwork0.1964 136752 -
obs0.1975 140377 92.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8652 0 74 658 9384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01238904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16712105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06981352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.72093211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.020.3262840.35032973X-RAY DIFFRACTION52.79
2.02-2.050.34861080.3253979X-RAY DIFFRACTION69.68
2.05-2.080.34041210.32364409X-RAY DIFFRACTION76.91
2.08-2.110.37431370.31745026X-RAY DIFFRACTION87.4
2.11-2.140.32871390.30125409X-RAY DIFFRACTION94.58
2.14-2.180.32521520.27685613X-RAY DIFFRACTION98.19
2.18-2.210.29431430.26725601X-RAY DIFFRACTION97.95
2.21-2.250.35871370.3065295X-RAY DIFFRACTION92.82
2.25-2.30.33681410.28495387X-RAY DIFFRACTION94.98
2.3-2.340.31321440.25155589X-RAY DIFFRACTION95.85
2.34-2.390.32571340.24645167X-RAY DIFFRACTION91.67
2.39-2.450.26531450.23885407X-RAY DIFFRACTION94.29
2.45-2.510.26071430.2165337X-RAY DIFFRACTION94.08
2.51-2.580.26471470.2195689X-RAY DIFFRACTION98.97
2.58-2.660.2921450.21725600X-RAY DIFFRACTION98.21
2.66-2.740.25971480.21425493X-RAY DIFFRACTION96.61
2.74-2.840.23941500.20465552X-RAY DIFFRACTION96.55
2.84-2.950.22661410.21225306X-RAY DIFFRACTION93.3
2.95-3.090.26021470.20045387X-RAY DIFFRACTION93.81
3.09-3.250.22141510.18285585X-RAY DIFFRACTION98.68
3.25-3.450.21391460.17115599X-RAY DIFFRACTION97.79
3.45-3.720.22281410.16325400X-RAY DIFFRACTION94.62
3.72-4.090.20471440.14635283X-RAY DIFFRACTION92.26
4.09-4.680.18211520.13675670X-RAY DIFFRACTION98.73
4.68-5.890.16861400.14935449X-RAY DIFFRACTION95.57
5.89-29.820.18481450.15455547X-RAY DIFFRACTION97.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.204312262740.118057339924-0.06136412486092.60716379169-0.5546685654931.7431702193-0.008350700456750.166243296748-0.075365948669-0.1299177241570.05799162022220.1894734393530.0762155725924-0.137194449912-0.03718964179270.158880515816-0.007092946124920.01535073178630.171434210296-0.03264903229070.158538386183-21.349978505912.38344334566.32543882222
21.511627521030.00964459317788-0.08835057409761.538096300350.269525155790.592173936629-0.0414460482432-0.1098679160140.1371839142870.2118810517538.42676041225E-50.194188604649-0.0135384947804-0.1221820895530.02806913283710.2288509481210.01182217250720.01749266832560.197001877444-0.02355206079290.161070749535-28.219598715130.240704123924.4209721625
35.15773536257-0.957229744688-0.3461531606862.164625180921.078071673664.08588934413-0.00838510615846-0.0601056568039-0.398779486418-0.0671710403832-0.08221710660450.1453482654410.0385935653837-0.2093768980120.06911161852260.1682598128290.00444328777280.0008257870348120.2412841910140.0180318693340.294010228663-46.013401946942.88876313789.37325610279
41.586978456030.218386564941-0.03672410284633.097993095890.2275270326471.766282787240.03593511414390.1289770494380.0631381803981-0.0255401901873-0.00234086370239-0.228809358739-0.08389890887750.183478065153-0.03459997926050.171786161527-0.01832254904310.001130719549640.1679961615620.02405013144890.13475377844217.234967513951.949708434614.0087844088
51.197759179960.1370730442330.5269235657791.32180388238-0.1602897086171.229472380090.0299382242337-0.13545949436-0.06365760567920.324843798935-0.04912380943570.00681746591716-0.02295105833460.09796644953250.03033067192060.288382892406-0.007427933841110.02888369188740.2036125533830.01771264358920.16241118008915.920718353336.216071045733.5873100158
66.76503198117-2.65997611553-0.0908393662172.68064855140.02674523025222.54895419262-0.184930551718-0.08237580406-0.6005810497070.3179234841440.1270469716360.01245052519550.2919463719450.276223450550.0669554533830.3206298032570.0043820568902-0.03464486577450.1726362309070.02208315011040.28520195984522.173562712319.897097139632.0448641046
74.97903651431-0.3267103260341.042672583143.68517675629-1.06363967854.65287114138-0.0921264621413-0.2111942663270.02039715342140.2186848241540.0805466040213-0.2777417315960.2637239829670.2790983802250.004110764178130.2272388927550.0670830077633-0.03550441901510.280573053981-0.01819576559470.20516058244238.473889629820.994325425925.8559634149
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 177 )AA2 - 1771 - 176
22chain 'A' and (resid 178 through 471 )AA178 - 471177 - 468
33chain 'A' and (resid 472 through 570 )AA472 - 570469 - 567
44chain 'B' and (resid 2 through 177 )BC2 - 1771 - 176
55chain 'B' and (resid 178 through 434 )BC178 - 434177 - 431
66chain 'B' and (resid 435 through 473 )BC435 - 473432 - 470
77chain 'B' and (resid 474 through 570 )BC474 - 570471 - 567

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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