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- PDB-7r7f: Synechococcus Olefin Synthase FAAL domain R336A in complex with s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r7f
タイトルSynechococcus Olefin Synthase FAAL domain R336A in complex with stearoyl adenylate and pyrophosphate
要素Polyketide synthase
キーワードLIGASE / Fatty acid-AMP ligase (FAAL) Olefin synthase Fatty acid binding protein Polyketide
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Disco-interacting protein 2-like, AMP domain / Sulfotransferase family / Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / CurL-like, PKS C-terminal / ANL, C-terminal domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / : ...Disco-interacting protein 2-like, AMP domain / Sulfotransferase family / Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / CurL-like, PKS C-terminal / ANL, C-terminal domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / : / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Epoxide hydrolase-like / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
stearoyl adenylate / ACETATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / Polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Sikkema, A.P. / Strugis, R.M. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA108874 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118101 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008270 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM138396 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An electrostatic fatty acid selection mechanism by the Olefin Synthase FAAL domain from Synechococcus sp. PCC7002
著者: Sikkema, A.P. / Sturgis, R.M. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
B: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,55810
ポリマ－123,8122
非ポリマー1,7468
水7,008389
1
A: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7795
ポリマ－61,9061
非ポリマー8734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7795
ポリマ－61,9061
非ポリマー8734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.087, 60.602, 95.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.111, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Polyketide synthase


分子量: 61906.016 Da / 分子数: 2 / 断片: FAAL domain / 変異: R336A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
株: ATCC 27264 / PCC 7002 / PR-6 / 遺伝子: SYNPCC7002_A1173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B1XKC6, long-chain-fatty-acid-[acyl-carrier-protein] ligase

-
非ポリマー , 5種, 397分子

#2: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-1T1 / stearoyl adenylate / 5'-O-[(R)-hydroxy(octadecanoyloxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 613.683 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H48N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.17-0.21 M NDSB-256 (Dimethylbenzylammonium Propane Sulfonate), 26-33% PEG 3350, 0.19-0.21 M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月21日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50.5 Å / Num. obs: 119685 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.23 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.13→2.26 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 19634 / CC1/2: 0.684 / CC star: 0.901 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LNV

3lnv


解像度: 2.13→50.5 Å / SU ML: 0.3292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.2405
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 3816 3.19 %
Rwork0.2107 115847 -
obs0.2118 119663 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→50.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8638 0 112 389 9139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00898928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.135612129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06641352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.94733217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.150.34511190.33843638X-RAY DIFFRACTION83.64
2.15-2.180.34371420.32634288X-RAY DIFFRACTION97.77
2.18-2.210.34311370.3364356X-RAY DIFFRACTION96.89
2.21-2.240.3791420.32424242X-RAY DIFFRACTION97.23
2.24-2.280.33121380.32494255X-RAY DIFFRACTION97.93
2.28-2.310.33331440.30334320X-RAY DIFFRACTION97.87
2.31-2.350.33131400.29334288X-RAY DIFFRACTION98.16
2.35-2.390.34721470.28484307X-RAY DIFFRACTION97.91
2.39-2.430.29191420.27484364X-RAY DIFFRACTION98.06
2.43-2.480.31781450.25814287X-RAY DIFFRACTION98.1
2.48-2.530.33181340.24824273X-RAY DIFFRACTION97.11
2.53-2.590.26881480.26244294X-RAY DIFFRACTION98.58
2.59-2.650.28671420.25584356X-RAY DIFFRACTION98.45
2.65-2.710.3331420.24784265X-RAY DIFFRACTION97.65
2.71-2.790.32611450.24024357X-RAY DIFFRACTION98.64
2.79-2.870.25091430.22684301X-RAY DIFFRACTION98.45
2.87-2.960.21841440.2254379X-RAY DIFFRACTION98.97
2.96-3.070.2311390.21434366X-RAY DIFFRACTION98.69
3.07-3.190.28991450.20914298X-RAY DIFFRACTION98.36
3.19-3.340.25791440.19494313X-RAY DIFFRACTION98.48
3.34-3.510.25021380.18474304X-RAY DIFFRACTION98.51
3.51-3.730.21241400.17514335X-RAY DIFFRACTION98.27
3.73-4.020.19311440.1614361X-RAY DIFFRACTION98.47
4.02-4.420.18651420.16124299X-RAY DIFFRACTION98.86
4.42-5.060.17331430.1584323X-RAY DIFFRACTION98.15
5.06-6.380.19661420.17284338X-RAY DIFFRACTION98.53
6.38-50.50.15871450.15334340X-RAY DIFFRACTION98.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7407344049770.178885534101-0.144967348972.03548774468-0.969751535242.953153082370.02821568224060.101443073346-0.0650970291732-0.02413978604830.08532964908510.2269284665690.028329423611-0.132935169298-0.1075376957320.175730783250.005180180356940.001904889717560.147490864426-0.04205578282260.218293380197-22.566378307513.48895283446.95575647976
20.9101981502650.148959183476-0.006372557858631.02267070122-0.1040479351720.6836771391990.0182737139736-0.05360671007380.05514990029410.129706705757-0.01570390732920.131586605657-0.0588778983179-0.09903708992560.000345829059560.2311402664510.007719950002140.01309885600290.205800230045-0.0172881093320.222813791601-25.898301550127.78707637621.6856483907
33.56432110918-1.50428045892.147359108890.775260717283-1.058801794551.84692459983-0.0734872885837-0.06422817317710.03956450109250.04438800070110.04324495899780.0395992790014-0.0380688418106-0.1469125147450.05574735707860.2723956701080.009063499864320.01569832869720.227455612086-0.0227878898870.306665055555-32.434276535845.894138257720.9622016873
44.55393345557-0.815102527285-0.1151439795842.267388183630.6215476088442.92449210135-0.0291715542658-0.108845958651-0.298181902883-0.138551792759-0.03961288587340.1665759485310.085270899997-0.2026536231420.04860804732630.1693143635990.0152198687595-0.002388233989560.250455715285-0.003668592950260.329680276424-45.463594179544.61092413629.03289678714
51.84784876243-0.04454669771240.3605630594462.536450300080.8149922582593.455884581980.02168554824610.1026557548660.138807365860.160810706274-0.00836196996845-0.0720532923109-0.132113607470.111619675399-0.01050709788330.266866722984-0.01978242178780.0243650672580.1481202877970.03528686491120.19541743504215.340907815156.452848918618.506827214
62.067335831460.345063663324-0.7466518262714.22397553903-0.642295406371.09660426672-0.08882376567140.208073939463-0.0650578025035-0.246132658788-0.01462921426-0.4281197954650.09403203997410.125441651480.1103777180880.238195423353-0.0141045276798-0.04302521449230.284859073712-0.006616256175950.15473507431919.441656152749.90158818438.17143663434
70.932192833898-0.03239648726190.3721383887481.435835162020.116920676751.111786828680.0301045676177-0.128786436262-0.0712278982120.2755780039390.00145394001845-0.00214003471228-0.009511640565560.125937232767-0.03367605651490.266016316329-0.006715126193180.003764297791350.2200775890480.01895779154690.16524264977415.905571892637.961588996733.3165686149
85.30384279358-1.75263869213-0.9963652108792.392317651180.1515042918042.2395888062-0.0752707452952-0.184089577254-0.1840024446460.3595748150690.127444709008-0.07634657192280.1452215060940.33415117869-0.06911119867480.326872117580.018122501722-0.06265459666890.2130158432470.008054045765710.20636001066521.986963767322.052198432631.7919074931
94.930503109520.2229884078540.239329620232.99007852571-1.649171767464.870499850910.0528990257344-0.3514119376870.1888639594180.1966452570140.0602134660339-0.3854793585150.1293962753420.471921851662-0.1026983939590.2484942440130.0779649849404-0.04545182001520.324328891867-0.04066049070850.28932249285338.279212562323.065109654725.662940734
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 133 )AA2 - 1331 - 132
22chain 'A' and (resid 134 through 434 )AA134 - 434133 - 431
33chain 'A' and (resid 435 through 473 )AA435 - 473432 - 470
44chain 'A' and (resid 474 through 570 )AA474 - 570471 - 567
55chain 'B' and (resid 2 through 100 )BB2 - 1001 - 99
66chain 'B' and (resid 101 through 177 )BB101 - 177100 - 176
77chain 'B' and (resid 178 through 434 )BB178 - 434177 - 431
88chain 'B' and (resid 435 through 473 )BB435 - 473432 - 470
99chain 'B' and (resid 474 through 570 )BB474 - 570471 - 567

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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