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- PDB-7r6j: Co-crystal structure of Chaetomium glucosidase with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6j
タイトルCo-crystal structure of Chaetomium glucosidase with compound 1
要素Chaetomium alpha glucosidase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / alpha glucosidase I / Hydrolase / Inhibitor complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-oligosaccharide glucosidase / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 63, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 63, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 63, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 63 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 63 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 63 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2I7 / Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.905 Å
データ登録者Karade, S.S. / Mariuzza, R.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Design of Potent Iminosugar Inhibitors of Endoplasmic Reticulum alpha-Glucosidase I with Anti-SARS-CoV-2 Activity.
著者: Karade, S.S. / Franco, E.J. / Rojas, A.C. / Hanrahan, K.C. / Kolesnikov, A. / Yu, W. / MacKerell Jr., A.D. / Hill, D.C. / Weber, D.J. / Brown, A.N. / Treston, A.M. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaetomium alpha glucosidase
B: Chaetomium alpha glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,16827
ポリマ－186,6402
非ポリマー3,52825
水22,7351262
1
A: Chaetomium alpha glucosidase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 95.3 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,28818
ポリマ－93,3201
非ポリマー1,96817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chaetomium alpha glucosidase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 94.9 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8809
ポリマ－93,3201
非ポリマー1,5618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.839, 178.544, 179.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1558-

HOH

21B-1492-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Chaetomium alpha glucosidase


分子量: 93319.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061620 / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SFD1
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 1286分子

#3: 化合物 ChemComp-2I7 / (2R,3R,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)-1-[(3-{[3-methyl-5-(pyrimidin-2-yl)anilino]methyl}phenyl)methyl]piperidine-3,4,5-triol


分子量: 450.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 Bis Tris pH 6.5, 1.6-2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月14日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.77 Å / Num. obs: 168664 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 30.61 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1458 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.98
反射 シェル解像度: 1.905→1.973 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.791 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 16213 / CC1/2: 0.407 / CC star: 0.76 / Rpim(I) all: 0.7917 / % possible all: 95.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000v717.1データ削減
HKL-2000v717.1データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J5T

4j5t


解像度: 1.905→46.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.382 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 8369 5 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1761 160292 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.8 Å2 / Biso mean: 33.638 Å2 / Biso min: 15.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----1.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.905→46.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12148 0 219 1269 13636
Biso mean--59.45 43.94 -
残基数----1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01212743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.64717359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60951536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.47522.324680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.519151942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1291573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029977
LS精密化 シェル解像度: 1.905→1.954 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 600 -
Rwork0.306 11232 -
all-11832 -
obs--95.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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