PDB-7r5y: Crystal Structure of Prevotella sp. CAG:617 Multiple Inositol Pol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r5y

タイトル

Crystal Structure of Prevotella sp. CAG:617 Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase, complex with myo-inositol hexakissulfate

要素

Histidine acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / phytase / histidine phosphatase / MINPP / Prevotella

機能・相同性

Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily / hydrolase activity / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / Histidine acid phosphatase

機能・相同性情報

生物種

Prevotella sp. CAG:617 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Prevotella sp. CAG:617 Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase, complex with myo-inositol hexakissulfate
著者: Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2022年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r5y.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r5y.ent.gz	863.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tsrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine acid phosphatase

B: Histidine acid phosphatase

C: Histidine acid phosphatase

D: Histidine acid phosphatase

E: Histidine acid phosphatase

F: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

290 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

E: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Histidine acid phosphatase

F: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.5 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Histidine acid phosphatase

D: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.140, 263.630, 85.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab

#1: タンパク質	Histidine acid phosphatase 分子量: 47573.652 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prevotella sp. CAG:617 (バクテリア) 遺伝子: BN736_00172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Shuffle Express T7 / 参照: UniProt: R7PD89
#2: 化合物	ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト分子量: 660.535 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂₄S₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1M NaCl, 30% w/v polypropylene glycol 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→73.37 Å / Num. obs: 230183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.97-2	6.8	1.56	1.2	11409	0.558	0.647	99.9
2-2.04	6.72	1.399	1.4	11370	0.597	0.584	99.98
2.04-2.08	6.46	1.152	1.7	11428	0.685	0.492	100
2.08-2.12	6.63	1.005	1.005	11408	0.751	0.423	100
2.12-2.17	6.79	0.915	2.3	11395	0.79	0.381	99.99
2.17-2.22	6.67	0.763	2.7	11412	0.838	0.321	99.96
2.22-2.27	6.33	0.64	3.2	11449	0.869	0.278	100
2.27-2.34	6.8	0.616	3.7	11415	0.898	0.258	99.99
2.34-2.4	6.71	0.537	4.2	11438	0.91	0.226	100
2.4-2.48	6.67	0.487	4.8	11436	0.932	0.206	99.98
2.48-2.57	6.39	0.45	5.4	11443	0.943	0.194	100
2.57-2.67	6.69	0.383	6.4	11474	0.96	0.161	100
2.67-2.8	6.71	0.307	7.8	11493	0.974	0.129	100
2.8-2.94	6.56	0.236	9.4	11488	0.981	0.1	100
2.94-3.13	6.81	0.179	11.6	11518	0.988	0.075	100
3.13-3.37	6.53	0.134	13.8	11558	0.991	0.057	99.98
3.37-3.71	6.36	0.1	16.4	11563	0.993	0.043	99.93
3.71-4.24	6.27	0.085	18.7	11628	0.993	0.037	99.97
4.24-5.35	6.33	0.073	20.5	11715	0.995	0.031	99.93
5.35-73.42	6.17	0.06	21.3	12143	0.997	0.026	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4tsr

4tsr

解像度: 1.97→73.37 Å / SU ML: 0.2764 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4542
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2195	11677	5.08 %
R_work	0.1517	218334	-
obs	0.1551	230011	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→73.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19846	0	221	1981	22048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	20588
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8521	27986
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0507	2975
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.1709	2908

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-1.99	0.3702	390	0.3012	7227	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.99-2.02	0.3343	375	0.2691	7233	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.02-2.04	0.3382	387	0.2471	7155	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.04-2.07	0.326	399	0.2251	7232	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.07-2.09	0.2849	390	0.22	7175	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.09-2.12	0.2813	373	0.2039	7249	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.12-2.15	0.285	382	0.2043	7187	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.15-2.18	0.2822	388	0.2068	7250	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.18-2.22	0.2993	358	0.2033	7230	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.22-2.26	0.2888	382	0.1928	7201	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.26-2.29	0.279	358	0.1937	7310	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.34	0.2751	378	0.1937	7221	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.34-2.38	0.2889	410	0.1896	7175	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.38-2.43	0.2963	388	0.1845	7299	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.43-2.48	0.269	400	0.1633	7191	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.48-2.54	0.2341	396	0.1445	7217	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.54-2.6	0.2307	409	0.1422	7207	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.6-2.67	0.214	370	0.1428	7308	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.67-2.75	0.2282	380	0.1412	7293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.84	0.2204	413	0.1494	7236	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.84-2.94	0.239	386	0.1576	7267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.06	0.2324	335	0.1532	7350	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.06-3.2	0.2287	382	0.1535	7271	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.2-3.37	0.2363	411	0.1515	7318	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.37-3.58	0.2111	404	0.1431	7294	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.58-3.86	0.1711	402	0.1215	7342	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.86-4.24	0.1641	381	0.1112	7356	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.24-4.86	0.1537	404	0.103	7374	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.86-6.12	0.1808	400	0.1282	7464	X-RAY DIFFRACTION	99.95
6.12-73.37	0.185	446	0.1518	7702	X-RAY DIFFRACTION	99.51

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