PDB-7r5t: CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT F...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r5t

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT F254I COMPLEXED WITH FE, NADH, AND GLYCEROL

要素

Lactaldehyde reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FucO / NADH / Dehydrogenase / aldehyde reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde reductase / R-lactaldehyde reductase activity / S-lactaldehyde reductase activity / fucose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R. / Widersten, M.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structures of lactaldehyde reductase, FucO, link enzyme activity to hydrogen bond networks and conformational dynamics.
著者: Zavarise, A. / Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

履歴

登録	2022年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r5t.cif.gz	303.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r5t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r5t_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r5t_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	7r5t_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	7r5t_validation.cif.gz	42.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qnfC 7qniC 7qnjC 7r0pC 7r3dC 1rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lactaldehyde reductase

BBB: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.559, 54.329, 101.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase 分子量: 41531.320 Da / 分子数: 2 / 変異: F254I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase

#1: タンパク質

Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase

分子量: 41531.320 Da / 分子数: 2 / 変異: F254I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659
発現宿主:

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase

-
非ポリマー , 5種, 253分子

#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate; 0.1M Bis-Tris, pH 5.5; 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→61.841 Å / Num. obs: 64213 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.5 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3986 / CC_1/2: 0.85 / R_pim(I) all: 0.273 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RRM

1rrm

解像度: 1.85→61.841 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.725 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2154	3176	4.948 %
R_work	0.1824	61014	-
all	0.184	-	-
obs	-	64190	99.852 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.386 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.815 Å²	0 Å²	-0.794 Å²
2-	-	3.146 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→61.841 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5692	0	210	239	6141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	6046
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.643	8256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	1.58	13201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.436	5	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.758	22.721	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.215	15	928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.28	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	5258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.148	0.2	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.075	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.33	2.664	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.33	2.663	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.03	3.991	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.03	3.992	3843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.771	2.935	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.771	2.936	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.855	4.287	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.854	4.288	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.015	32.287	6583
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.993	32.228	6555

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.279	265	0.268	4453	X-RAY DIFFRACTION	99.9153
1.898-1.95	0.285	204	0.251	4412	X-RAY DIFFRACTION	99.9567
1.95-2.007	0.251	244	0.246	4230	X-RAY DIFFRACTION	99.9107
2.007-2.068	0.256	212	0.226	4107	X-RAY DIFFRACTION	99.8844
2.068-2.136	0.215	210	0.204	4006	X-RAY DIFFRACTION	99.787
2.136-2.211	0.248	192	0.195	3889	X-RAY DIFFRACTION	99.9265
2.211-2.294	0.222	220	0.196	3698	X-RAY DIFFRACTION	99.949
2.294-2.388	0.203	170	0.18	3646	X-RAY DIFFRACTION	99.6605
2.388-2.494	0.233	191	0.179	3428	X-RAY DIFFRACTION	99.7794
2.494-2.616	0.25	147	0.183	3335	X-RAY DIFFRACTION	99.9139
2.616-2.757	0.209	174	0.18	3153	X-RAY DIFFRACTION	99.6406
2.757-2.924	0.229	165	0.178	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.8399
2.924-3.126	0.241	128	0.185	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.126-3.376	0.199	134	0.17	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.9638
3.376-3.698	0.19	141	0.162	2401	X-RAY DIFFRACTION	99.9607
3.698-4.134	0.19	105	0.151	2211	X-RAY DIFFRACTION	99.6987
4.134-4.772	0.178	89	0.148	1934	X-RAY DIFFRACTION	99.5081
4.772-5.841	0.198	86	0.175	1660	X-RAY DIFFRACTION	99.8856
5.841-8.247	0.185	71	0.181	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
8.247-61.841	0.181	28	0.172	760	X-RAY DIFFRACTION	99.4949

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