PDB-7qnf: CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qnf

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT N151G, L259V COMPLEXED WITH FE, NAD+, AND ETHYLENE GLYCOL

要素

Lactaldehyde reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FucO / NADH / Dehydrogenase / aldehyde reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde reductase / R-lactaldehyde reductase activity / S-lactaldehyde reductase activity / fucose catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structures of lactaldehyde reductase, FucO, link enzyme activity to hydrogen bond networks and conformational dynamics.
著者: Zavarise, A. / Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qnf.cif.gz	530.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qnf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qnf_validation.pdf.gz	481 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qnf_full_validation.pdf.gz	487 KB	表示
XML形式データ	7qnf_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	7qnf_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qniC 7qnjC 7r0pC 7r3dC 7r5tC 1rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lactaldehyde reductase

BBB: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

84.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.838, 85.765, 136.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase 分子量: 41464.230 Da / 分子数: 2 / 変異: N151G,L259V,S315G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase

-
非ポリマー , 5種, 279分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Bis-tris pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 6000, 0.2 M NaF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月6日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→36.71 Å / Num. obs: 40916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.565 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3299 / CC_1/2: 0.522 / R_pim(I) all: 0.976

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RRM

1rrm

解像度: 2.14→36.707 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	2050	5.02 %
R_work	0.1786	38784	-
all	0.181	-	-
obs	-	40834	99.929 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.637 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.843 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.588 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.254 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→36.707 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5684	0	108	266	6058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	5914
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	5653
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.642	8048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.324	1.579	12998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.459	5	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.76	22.472	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.556	15	917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.737	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	5229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.061	0.2	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.099	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.792	2.75	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.792	2.751	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.271	4.122	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.271	4.123	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.94	2.919	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.94	2.919	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.505	4.31	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.504	4.31	4213
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.598	33.979	6629
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.554	33.827	6589

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.196	0.331	161	0.293	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.9663
2.196-2.256	0.314	143	0.281	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.9312
2.256-2.321	0.315	138	0.258	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.9642
2.321-2.393	0.296	142	0.234	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.8921
2.393-2.471	0.26	140	0.218	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.8499
2.471-2.558	0.283	103	0.208	2444	X-RAY DIFFRACTION	99.9608
2.558-2.654	0.297	140	0.204	2363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.654-2.763	0.222	128	0.194	2285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.763-2.885	0.256	118	0.203	2204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.885-3.026	0.212	94	0.187	2096	X-RAY DIFFRACTION	100
3.026-3.19	0.212	113	0.192	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.383	0.26	109	0.195	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.383-3.616	0.251	103	0.19	1791	X-RAY DIFFRACTION	99.9472
3.616-3.906	0.184	87	0.162	1685	X-RAY DIFFRACTION	99.9436
3.906-4.278	0.153	80	0.125	1545	X-RAY DIFFRACTION	99.9385
4.278-4.783	0.187	63	0.123	1420	X-RAY DIFFRACTION	100
4.783-5.522	0.207	71	0.14	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
5.522-6.76	0.183	58	0.153	1071	X-RAY DIFFRACTION	99.9115
6.76-9.548	0.139	39	0.12	863	X-RAY DIFFRACTION	99.8893
8-10	0.218	20	0.178	504	X-RAY DIFFRACTION	97.7612

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5532	-0.2071	-0.1258	2.4496	-0.2026	1.1955	0.0657	-0.4612	-0.058	0.1851	-0.0725	-0.3456	0.0104	0.159	0.0067	0.0497	-0.0408	-0.0127	0.2351	0.0207	0.0669	-3.944	-8.868	26.194
2	2.8127	-0.8782	0.2852	1.9668	0.1575	1.0991	0.0274	0.0247	-0.32	-0.4334	0.011	0.0951	0.0408	0.0045	-0.0384	0.1475	-0.026	0.0073	0.0191	-0.0028	0.0516	-15.191	-15.926	4.754
3	1.391	0.5041	0.0192	2.8903	0.2433	1.8747	0.0355	-0.1279	0.0664	0.1928	0.0282	0.0989	-0.1737	-0.1524	-0.0637	0.0653	0.0106	0.0243	0.0936	0.006	0.0118	-24.227	14.788	31.703
4	1.5062	-0.2591	-0.262	3.7109	-0.1879	1.0898	0.0883	0.4101	0.3099	-0.9484	0.0972	0.0882	-0.1277	-0.1755	-0.1856	0.3573	-0.0247	0.0106	0.1795	0.0868	0.0883	-23.839	23.102	7.937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	186 - 385
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	3 - 185
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	186 - 385

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