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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r5f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YTHDF2 with compound YLI_DF_012 | ||||||
![]() | YTH domain-containing family protein 2 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / epitranscriptomic reader / m6A reader | ||||||
機能・相同性 | ![]() C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / organelle assembly / spermatogonial cell division / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / regulation of rRNA processing / positive regulation of cap-independent translational initiation / endothelial to hematopoietic transition / gamete generation / embryonic morphogenesis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity ...C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / organelle assembly / spermatogonial cell division / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / regulation of rRNA processing / positive regulation of cap-independent translational initiation / endothelial to hematopoietic transition / gamete generation / embryonic morphogenesis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / negative regulation of stem cell differentiation / oocyte maturation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / hematopoietic stem cell proliferation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / mRNA destabilization / negative regulation of Notch signaling pathway / mRNA catabolic process / humoral immune response / centriolar satellite / regulation of neurogenesis / regulation of cell adhesion / stress granule assembly / regulation of mRNA stability / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / cell cycle / innate immune response / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nai, F. / Li, Y. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fragment Ligands of the m 6 A-RNA Reader YTHDF2. 著者: Nai, F. / Nachawati, R. / Zalesak, F. / Wang, X. / Li, Y. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7r5lC ![]() 7r5wC ![]() 7ywbC ![]() 7yx6C ![]() 7yxeC ![]() 7z26C ![]() 7z4uC ![]() 7z54C ![]() 7z5mC ![]() 7z7bC ![]() 7z7fC ![]() 7z8pC ![]() 7z8wC ![]() 7z8xC ![]() 7z92C ![]() 7z93C ![]() 7zg4C ![]() 4rdnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19367.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-I3V / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.33 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.025 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic pH 5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→43.98 Å / Num. obs: 27710 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 31.19 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 48.15 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Num. unique obs: 4457 / CC1/2: 0.986 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4RDN 解像度: 2→43.98 Å / SU ML: 0.2299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9815 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→43.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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