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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r55 | ||||||
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タイトル | B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with Gb3 | ||||||
要素 | Sarol-1 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / Gb3 / b-trefoil / pore forming lectin | ||||||
機能・相同性 | Ricin B-like lectins / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salpingoeca rosetta (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Notova, S. / Varrot, A. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: The choanoflagellate pore-forming lectin SaroL-1 punches holes in cancer cells by targeting the tumor-related glycosphingolipid Gb3. 著者: Notova, S. / Bonnardel, F. / Rosato, F. / Siukstaite, L. / Schwaiger, J. / Lim, J.H. / Bovin, N. / Varrot, A. / Ogawa, Y. / Romer, W. / Lisacek, F. / Imberty, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r55.cif.gz | 277.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r55.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7r55.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7r55_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7r55_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7r55_validation.xml.gz | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7r55_validation.cif.gz | 49 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r55 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qe3C 7qe4SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 4 - 326 / Label seq-ID: 4 - 326
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36517.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 株: ATCC 50818 / BSB-021 / 遺伝子: PTSG_08235 / プラスミド: pET28aTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F2UID9 #2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.403 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 % / 解説: rock |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 100 mM amino acids Morpheus I, 35 % PEG SMEAR MEDIUM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月9日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978565 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.84→45.18 Å / Num. obs: 62904 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.8 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | Num. unique obs: 3696 / Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QE4 解像度: 1.84→45.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.229 / WRfactor Rwork: 0.174 / SU B: 3.71 / SU ML: 0.108 / Average fsc free: 0.9048 / Average fsc work: 0.9189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.838 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→45.18 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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