PDB-7r55: B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with Gb3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r55

タイトル

B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with Gb3

要素

Sarol-1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / Gb3 / b-trefoil / pore forming lectin

機能・相同性

Ricin B-like lectins / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Salpingoeca rosetta (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Notova, S. / Varrot, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: The choanoflagellate pore-forming lectin SaroL-1 punches holes in cancer cells by targeting the tumor-related glycosphingolipid Gb3.
著者: Notova, S. / Bonnardel, F. / Rosato, F. / Siukstaite, L. / Schwaiger, J. / Lim, J.H. / Bovin, N. / Varrot, A. / Ogawa, Y. / Romer, W. / Lisacek, F. / Imberty, A.

履歴

登録	2022年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r55.cif.gz	277.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r55.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r55	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qe3C 7qe4SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sarol-1

B: Sarol-1

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sarol-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sarol-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.341, 58.997, 210.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 4 - 326 / Label seq-ID: 4 - 326

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質

Sarol-1

分子量: 36517.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Salpingoeca rosetta (真核生物) / 株: ATCC 50818 / BSB-021 / 遺伝子: PTSG_08235 / プラスミド: pET28aTEV / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F2UID9

#2: 多糖

alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.403 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.84 % / 解説: rock
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 100 mM amino acids Morpheus I, 35 % PEG SMEAR MEDIUM

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978565 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→45.18 Å / Num. obs: 62904 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Num. unique obs: 3696 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.01-45.14	7.1	0.025	0.999	0.013	0.028
1.84-1.88	7.8	1.034	0.792	0.572	1.185

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	1.12.12	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
BUCCANEER	0.5.0	モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QE4

7qe4

解像度: 1.84→45.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.174 / SU B: 3.71 / SU ML: 0.108 / Average fsc free: 0.9048 / Average fsc work: 0.9189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	2982	4.747 %
R_work	0.1844	59836	-
all	0.187	-	-
obs	-	62818	99.755 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.838 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.658 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.087 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→45.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4956	0	140	604	5700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	5356
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	4803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.103	1.688	7341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.487	1.606	11126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.599	5	677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.779	21.829	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.207	15	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.464	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.223	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.214	2.82	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.214	2.818	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.089	4.211	3359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.089	4.213	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.148	3.081	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.148	3.081	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.544	4.508	3982
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.544	4.508	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.748	33.539	5633
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.673	33.064	5504
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.129	0.05	9643

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12924	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12924	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.888	0.299	199	0.299	4225	X-RAY DIFFRACTION	97.2949
1.888-1.94	0.311	196	0.261	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.996	0.303	193	0.231	4175	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.057	0.264	209	0.208	4069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.057-2.125	0.26	180	0.189	3916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.125-2.199	0.242	183	0.178	3782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.199-2.282	0.247	208	0.189	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.282-2.375	0.238	225	0.165	3467	X-RAY DIFFRACTION	99.9729
2.375-2.481	0.251	167	0.175	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.481-2.602	0.268	180	0.17	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.602-2.743	0.262	159	0.178	3108	X-RAY DIFFRACTION	99.9694
2.743-2.909	0.248	141	0.171	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.909-3.11	0.206	133	0.168	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.359	0.266	120	0.191	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.9632
3.359-3.68	0.253	109	0.19	2399	X-RAY DIFFRACTION	99.9601
3.68-4.114	0.224	94	0.181	2210	X-RAY DIFFRACTION	99.8267
4.114-4.75	0.174	97	0.138	1907	X-RAY DIFFRACTION	99.6024
4.75-5.817	0.168	84	0.145	1661	X-RAY DIFFRACTION	99.8284
5.817-8.223	0.253	70	0.189	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
8.223-45.18	0.244	35	0.226	767	X-RAY DIFFRACTION	98.5258

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関連情報:EMDBヘッダ

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