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- PDB-7r51: Structure of P. gingivalis DPP11 in complex with the dipeptide Arg-Asp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r51
タイトルStructure of P. gingivalis DPP11 in complex with the dipeptide Arg-Asp
要素
  • ARG-ASP
  • Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
キーワードHYDROLASE / Dipeptidyl peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


developmental cell growth / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / peptide binding / cell surface / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S46 / Peptidase S46 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.808 Å
データ登録者Tham, C.T. / Coker, J.A. / Foster, W.R. / Ohara-Nemoto, Y. / Nemoto, T.K. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Bezerra, G.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private0006369 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of P. gingivalis DPP11 in complex with the dipeptide Arg-Asp
著者: Tham, C.T. / Coker, J.A. / Foster, W.R. / Ohara-Nemoto, Y. / Nemoto, T.K. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Bezerra, G.A.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
B: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
C: ARG-ASP
D: ARG-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,0874
ポリマ－162,0874
非ポリマー00
水7,728429
1
A: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
C: ARG-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0442
ポリマ－81,0442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
2
B: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
D: ARG-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0442
ポリマ－81,0442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.428, 72.908, 119.368
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase / Dipeptidyl-peptidase 11 / DPP11


分子量: 80753.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: dpp11, PGN_0607 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B2RID1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド ARG-ASP


分子量: 290.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: JCSG+ Well G6: 0.2 M Sodium malonate dibasic monohydrate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.808→119.304 Å / Num. obs: 80793 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.81→1.99 Å / 冗長度: 2.63 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Num. unique obs: 4041 / CC1/2: 0.6795 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 67.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JWF

5jwf


解像度: 1.808→119.304 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 4108 5.09 %
Rwork0.2063 76673 -
obs0.2086 80781 53.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.96 Å2 / Biso mean: 22.2603 Å2 / Biso min: 4.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.808→119.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11128 0 40 429 11597
Biso mean--16.45 21.57 -
残基数----1393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.808-1.8290.899610.3714541
1.829-1.85130.392970.30151393
1.8513-1.87470.2307100.28262756
1.8747-1.89940.4277250.302147610
1.8994-1.92540.2888390.287367914
1.9254-1.95290.274450.280581817
1.9529-1.98210.2924600.269898120
1.9821-2.0130.2873520.2724113423
2.013-2.0460.3348650.2677130626
2.046-2.08130.2707800.2603143529
2.0813-2.11920.2863780.2545166433
2.1192-2.15990.30331070.2703188438
2.1599-2.2040.27831290.2505205642
2.204-2.2520.28551150.2544234147
2.252-2.30440.29051350.2515250551
2.3044-2.3620.30211310.2464277555
2.362-2.42590.33161480.2539298160
2.4259-2.49720.3161610.2534315364
2.4972-2.57780.28141490.2424337267
2.5778-2.670.29411790.2532364273
2.67-2.77690.29342260.2337390979
2.7769-2.90330.26632580.2362430087
2.9033-3.05640.29642650.2347478596
3.0564-3.24790.2793280.22834929100
3.2479-3.49870.24462920.20654925100
3.4987-3.85080.23972560.1695500999
3.8508-4.4080.20742580.15114986100
4.408-5.55360.18952630.1509500499
5.5536-119.3040.192460.1697515699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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