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万見
- PDB-7r4w: Single stranded DNA binding protein SSB M5 from Fervidobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r4w
タイトルSingle stranded DNA binding protein SSB M5 from Fervidobacterium gondwanense
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / single stranded DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / PHOSPHATE ION / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fervidobacterium gondwanense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Werbowy, O. / Al-Karadaghi, S. / Kaczorowski, T. / Kaczorowska, A.K. / Dorawa, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)685778European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular characterization of a single stranded DNA binding protein from Fervidobacterium gondwanense
著者: Werbowy, O. / Hakansson, M. / Svensson, L.A. / Al-Karadaghi, S. / Kaczorowski, T. / Kaczarowska, A.K. / Dorawa, S.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0024
ポリマ－16,7871
非ポリマー2153
水1629
1
A: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子

A: Single-stranded DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,00716
ポリマ－67,1474
非ポリマー86012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.390, 62.390, 172.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded DNA-binding protein / SSB


分子量: 16786.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fervidobacterium gondwanense (バクテリア)
遺伝子: SAMN02745226_00543 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M7S684
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 1 M Diammonium phosphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.13 Å / Num. obs: 7947 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 25.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3827.15.5206697620.5211.0615.603199.5
8.91-43.121.10.035361617110.0080.03661.898.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vW9

2vw9


解像度: 2.3→43.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 18.225 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 391 4.9 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.1902 7538 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 193.92 Å2 / Biso mean: 90.814 Å2 / Biso min: 49.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.53 Å20 Å20 Å2
2--2.53 Å20 Å2
3----5.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→43.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数804 0 13 9 826
Biso mean--99.66 75 -
残基数----100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.013825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0911.6451112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3921.5951836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.385598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.34220.81649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.80715149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.169159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02183
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 27 -
Rwork0.378 542 -
all-569 -
obs--99.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.434 Å / Origin y: -10.673 Å / Origin z: 13.17 Å
111213212223313233
T0.2007 Å20.038 Å20.0079 Å2-0.0417 Å20.0385 Å2--0.064 Å2
L3.9611 °20.7129 °2-0.2405 °2-6.023 °2-0.7214 °2--6.0155 °2
S-0.0555 Å °-0.2702 Å °-0.464 Å °0.5929 Å °0.0313 Å °-0.0079 Å °0.6817 Å °0.0419 Å °0.0242 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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