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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r49 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the L. plantarum acyl carrier protein synthase (AcpS)in complex with D-alanyl carrier protein (DltC1) | ||||||
要素 |
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キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / acyl carrier protein synthase / D-alanyl carrier protein / Complex / D-alanylation / teichoic acids | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-alanyl carrier activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cell wall organization / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactiplantibacillus plantarum subsp. plantarum NC8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Nikolopoulos, N. / Ravaud, S. / Simorre, J.P. / Grangeasse, C. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022 タイトル: DltC acts as an interaction hub for AcpS, DltA and DltB in the teichoic acid D-alanylation pathway of Lactiplantibacillus plantarum. 著者: Nikolopoulos, N. / Matos, R.C. / Courtin, P. / Ayala, I. / Akherraz, H. / Simorre, J.P. / Chapot-Chartier, M.P. / Leulier, F. / Ravaud, S. / Grangeasse, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r49.cif.gz | 133.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r49.ent.gz | 103.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r49.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7r49_validation.pdf.gz | 830.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7r49_full_validation.pdf.gz | 837.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7r49_validation.xml.gz | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7r49_validation.cif.gz | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r49 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7r27C 1f80S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13307.321 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum subsp. plantarum NC8 (バクテリア) 株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: acpS, lp_0522 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q88Z44, holo-[acyl-carrier-protein] synthase #2: タンパク質 | 分子量: 9873.019 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum subsp. plantarum NC8 (バクテリア) 株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: dltC1, lp_2017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88VM8 #3: 化合物 | ChemComp-PNS / | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Sodium Malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→43.79 Å / Num. obs: 52945 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.4 % / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3096 / Rpim(I) all: 0.569 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1F80 解像度: 1.88→43.79 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 29.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.27 Å2 / Biso mean: 34.2159 Å2 / Biso min: 15.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.88→43.79 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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