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- PDB-7r3y: The crystal structure of the V426L variant of Pol2CORE in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3y
タイトルThe crystal structure of the V426L variant of Pol2CORE in complex with DNA and an incoming nucleotide
要素
  • (DNA Template) x 2
  • DNA Primer
  • DNA polymerase epsilon catalytic subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein-DNA complex
機能・相同性2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Barbari, S.R. / Beach, A.K. / Markgren, J.G. / Parkash, V. / Johansson, E. / Shcherbakova, P.V.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Cancerfonden スウェーデン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Enhanced polymerase activity permits efficient synthesis by cancer-associated DNA polymerase ε variants at low dNTP levels.
著者: Barbari, S.R. / Beach, A.K. / Markgren, J.G. / Parkash, V. / Moore, E.A. / Johansson, E. / Shcherbakova, P.V.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit
P: DNA Primer
T: DNA Template
B: DNA polymerase epsilon catalytic subunit
C: DNA Primer
D: DNA Template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,97412
ポリマ－289,8316
非ポリマー1,1436
水23413
1
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit
P: DNA Primer
T: DNA Template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4956
ポリマ－144,9243
非ポリマー5713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area50720 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase epsilon catalytic subunit
C: DNA Primer
D: DNA Template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4796
ポリマ－144,9083
非ポリマー5713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area50910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.400, 70.100, 159.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.100, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit


分子量: 136725.188 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic subunit of DNA Pol Epsilon / 変異: V426L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4978 / プラスミド: pET 28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7I9C3S1, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 4分子 PCTD

#2: DNA鎖 DNA Primer


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA primer / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA Template


分子量: 4905.177 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Template / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA Template


分子量: 4889.177 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Template / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 19分子

#5: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50mM MES pH6.5, PEG20K,2.5% glycerol, 150mM Sodium Actetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射モノクロメーター: Si (111), double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.84 Å / Num. obs: 96815 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.409 % / Biso Wilson estimate: 80.264 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 9.21 / Num. measured all: 330071 / Scaling rejects: 72
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.83.4241.4940.756568719247191860.481.77499.7
2.8-3.13.4640.6151.857017120315202580.8560.72999.7
3.1-3.53.3760.2114.945862817478173640.9840.25299.3
3.5-4.53.4310.07113.917200621105209860.9970.08499.4
4.5-63.4140.04122.313726210988109140.9980.04999.3
6-103.290.02825.6920766637363110.9990.03499
10-153.0130.02231.813769125912510.9990.02699.4
15-47.843.270.0231.117825825450.9990.02493.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4m8o

4m8o


解像度: 2.6→47.84 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.37 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS refinement using Phenix.Refine
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 4826 5 %
Rwork0.2203 91628 -
obs0.2227 96454 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 237.35 Å2 / Biso mean: 98.4605 Å2 / Biso min: 44.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17689 1059 64 13 18825
Biso mean--63.79 69.97 -
残基数----2259
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.630.39831580.406630103168100
2.63-2.660.41511620.391930683230100
2.66-2.690.37051610.38953050321199
2.69-2.730.3971580.372130033161100
2.73-2.760.40151610.361630383199100
2.76-2.80.40531620.360930893251100
2.8-2.840.37951590.33823001316099
2.84-2.880.34181600.33643035319599
2.88-2.930.40511620.33493075323799
2.93-2.980.341600.31530293189100
2.98-3.030.33161620.30230773239100
3.03-3.080.34061600.29323009316999
3.08-3.140.31171600.281630483208100
3.14-3.210.31281590.26933055321499
3.21-3.280.31191580.26333016317499
3.28-3.350.29721590.2483068322799
3.35-3.440.30941580.2392991314999
3.44-3.530.29371610.24793054321599
3.53-3.630.31181600.23943036319699
3.63-3.750.29921610.213530543215100
3.75-3.880.29651620.21673086324899
3.88-4.040.24751610.2023056321799
4.04-4.220.23991610.186530523213100
4.22-4.440.24511630.17633092325599
4.45-4.720.20361610.1683059322099
4.72-5.090.22861630.176130943257100
5.09-5.60.23121610.18083071323299
5.6-6.410.27391650.19963120328599
6.41-8.070.26511630.19563104326799
8.07-47.840.2031650.18483088325395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8859-1.04760.39781.7278-0.0631.79540.27961.0844-0.1932-0.3528-0.11480.30550.334-0.13320.00250.92960.13810.1680.83370.03010.5282-40.53557.2839127.2671
2-0.02930.18680.08971.42320.60020.2323-0.085-0.16030.0862-0.22490.01480.1217-0.17050.05250.00010.91260.09920.00880.7160.13030.9442-46.550286.9629141.9415
32.6487-0.88430.2181.8937-0.16591.53520.1110.2752-0.1891-0.2496-0.1428-0.48620.34130.54730.00030.80420.12660.1590.6661-0.02710.74-22.450748.3847141.7222
41.5305-0.33670.55121.9013-0.8061.8261-0.1438-0.56190.16220.35250.0575-0.2757-0.1033-0.3081-0.00270.7390.0633-0.01820.713-0.07450.6092-41.409859.282172.7174
52.785-0.0919-0.00011.0557-0.14212.024-0.0008-0.15550.08090.2771-0.0242-0.76030.1450.4294-0.00070.83990.0988-0.2220.86090.01431.1593-7.503350.4441175.3753
60.2735-0.2064-0.25120.33470.11520.31640.0655-1.35580.50060.749-0.316-0.5595-0.7205-0.42280.00230.9837-0.0166-0.22321.1947-0.22931.2601-16.980965.1757174.8283
70.473-0.0465-0.18341.29210.55480.5109-0.3359-0.31740.50120.25290.0579-1.1414-0.610.24760.00040.8888-0.0965-0.26310.8484-0.01151.3062-20.345665.803169.3541
82.82550.06570.9272.125-0.31442.19060.2682-0.9015-0.18360.2996-0.3712-0.58210.30920.1304-0.02030.8424-0.11160.13350.9417-0.09980.548940.233794.8146237.9782
9-0.00660.2046-0.11271.8043-0.6460.94180.0735-0.13540.27710.2122-0.171-0.1067-0.24910.1541-0.00050.815-0.0516-0.01940.7175-0.11250.965443.9592114.0418226.3954
103.23790.90840.65591.9209-0.17531.92270.1343-0.3903-0.06480.1723-0.13210.46140.3588-0.6299-0.00560.7683-0.08530.11890.6961-0.05710.731619.109583.0276223.734
112.60360.61031.45091.62390.78182.4593-0.14610.95010.1601-0.28360.02160.18720.01130.4725-0.02150.70330.0220.00190.99140.03750.655834.207289.0063192.2686
121.7535-0.8654-0.12051.38830.52641.704-0.0561-0.07030.1949-0.1426-0.00790.6036-0.0388-0.4148-0.00090.8106-0.083-0.17641.1091-0.14261.2217-1.829289.0318195.9919
130.33970.153-0.31850.414-0.17030.282-0.24811.01920.4508-0.6019-0.27110.7948-0.81140.2686-0.00130.9410.0431-0.33041.24610.07121.52114.201999.7694193.1681
140.65290.1722-0.31051.3719-0.46380.6445-0.66620.23790.1346-0.23320.18371.0489-1.0748-0.32720.00130.88420.1279-0.28460.9220.04231.329517.6848100.4208198.5193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 137 )A31 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 138 through 234 )A138 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 235 through 511 )A235 - 511
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 512 through 943 )A512 - 943
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 944 through 1186 )A944 - 1186
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 1 through 10 )P1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'T' and (resid 2 through 16 )T2 - 16
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 31 through 148 )B31 - 148
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 149 through 274 )B149 - 274
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 275 through 547 )B275 - 547
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 548 through 1031 )B548 - 1031
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1032 through 1186 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 2 through 16 )D2 - 16

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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