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- PDB-7r3v: Crystal structure of bovine Cytochrome bc1 in complex with inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r3v
タイトルCrystal structure of bovine Cytochrome bc1 in complex with inhibitor CK-2-67.
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 8
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane ...Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-I2Q / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PHOSPHATE ION / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial ...1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-I2Q / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PHOSPHATE ION / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pinthong, N. / Amporndanai, K. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S. / Antonyuk, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biology (Basel) / 年: 2022
タイトル: Targeting the Ubiquinol-Reduction (Q i ) Site of the Mitochondrial Cytochrome bc 1 Complex for the Development of Next Generation Quinolone Antimalarials.
著者: Amporndanai, K. / Pinthong, N. / O'Neill, P.M. / Hong, W.D. / Amewu, R.K. / Pidathala, C. / Berry, N.G. / Leung, S.C. / Ward, S.A. / Biagini, G.A. / Hasnain, S.S. / Antonyuk, S.V.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月31日Group: Data collection / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.formula

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
I: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
J: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,98436
ポリマ－225,55110
非ポリマー11,43226
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.589, 209.589, 342.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 8分子 ABEFGHIJ

#1: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Complex III subunit 1 / Core protein I / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 1


分子量: 49209.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800
#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2


分子量: 44495.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / ...Complex III subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Rieske protein UQCRFS1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / QP-C / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ...Complex III subunit 7 / Complex III subunit VII / QP-C / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 14 kDa protein


分子量: 12357.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129
#7: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa ...Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C


分子量: 8799.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Complex III subunit 6 / Complex III subunit VIII / Cytochrome c1 non-heme 11 kDa protein / ...Complex III subunit 6 / Complex III subunit VIII / Cytochrome c1 non-heme 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein


分子量: 7628.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Complex III subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / ...Complex III subunit 5 / Cytochrome b-c1 complex subunit 5 / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Rieske protein UQCRFS1 / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 4827.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein


分子量: 6866.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130

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タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome c1 subunit / Cytochrome c-1


分子量: 27107.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125, quinol-cytochrome-c reductase

-
糖 , 1種, 1分子

#15: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 12種, 70分子

#11: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-6PE / 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / [O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル]アニオン


分子量: 410.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33NO8P
#13: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#16: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-I2Q / 3-methyl-2-[4-[[4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl]phenyl]-1H-quinolin-4-one / 3-methyl-2-[4-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methyl]phenyl]-1H-quinolin-4-one


分子量: 409.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18F3NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#19: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#20: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#21: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#22: 化合物 ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#23: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Protein 40mg/mL with 1.6% HECAMEG; reservoir solution 50mM KPi pH 6.8, 100mM NaCl, 3mM NaN3, 9-12% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.86 Å / Num. obs: 70108 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.225 / Χ2: 0.98 / Net I/av σ(I): 8.5 / Net I/σ(I): 1.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.27 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 1.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4544 / CC1/2: 0.415 / Rpim(I) all: 0.498 / Rrim(I) all: 1.718 / Χ2: 1.06 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OKD

5okd


解像度: 3.2→49.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 21.345 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.704 / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25556 3443 4.9 %RANDOM
Rwork0.20509 ---
obs0.20761 66560 95.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å2-0.63 Å2-0 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---4.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→49.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15778 0 559 45 16382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01216734
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.65522706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.14652004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88621.604823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.531152649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.66715108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.22121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.2268.6838049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.94313.00810041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.098.8148683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.81269838
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 261 -
Rwork0.34 4955 -
obs--97.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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