PDB-7r3d: CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r3d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT N151G, L259V COMPLEXED WITH FE, NADH, AND GLYCEROL (Absence of Nicotinamide ring)

要素

Lactaldehyde reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FucO / NADH / Dehydrogenase / aldehyde reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde reductase / R-lactaldehyde reductase activity / S-lactaldehyde reductase activity / fucose catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R. / Widersten, M.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structures of lactaldehyde reductase, FucO, link enzyme activity to hydrogen bond networks and conformational dynamics.
著者: Zavarise, A. / Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

履歴

登録	2022年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r3d.cif.gz	308.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r3d.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qnfC 7qniC 7qnjC 7r0pC 7r5tC 1rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lactaldehyde reductase

BBB: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.960, 95.110, 69.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.480, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase 分子量: 41464.230 Da / 分子数: 2 / 変異: N151G, L259V, S315G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase
#2: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bistris pH 5.5; 25% Polyethylene glycol 8000; 0.2M ammonium formate 9.25 mg/ml dissolved in 20mM Tris-HCl, pH7.5 that was supplemented with 0.5mM Fe and 10mM NADH and incubated for 10 ...詳細: 0.1M Bistris pH 5.5; 25% Polyethylene glycol 8000; 0.2M ammonium formate 9.25 mg/ml dissolved in 20mM Tris-HCl, pH7.5 that was supplemented with 0.5mM Fe and 10mM NADH and incubated for 10 min at room temperature.

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %

結晶化

温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bistris pH 5.5; 25% Polyethylene glycol 8000; 0.2M ammonium formate 9.25 mg/ml dissolved in 20mM Tris-HCl, pH7.5 that was supplemented with 0.5mM Fe and 10mM NADH and incubated for 10 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→48.53 Å / Num. obs: 141933 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.12 % / B_iso Wilson estimate: 16.97 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.86 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6998 / CC_1/2: 0.807 / R_pim(I) all: 0.405 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RRM

1rrm

解像度: 1.4→48.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.088 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1794	6883	4.851 %
R_work	0.1564	135015	-
all	0.158	-	-
obs	-	141898	98.934 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.664 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.914 Å²	0 Å²	0.095 Å²
2-	-	0.886 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.266 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5700	0	74	595	6369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	5958
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.64	8136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.459	1.579	13117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.33	5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.454	22.401	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.749	15	939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.163	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	5414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.029	1.805	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.028	1.804	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.553	2.707	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.552	2.708	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.697	2.033	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.696	2.033	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.62	2.962	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.619	2.962	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.687	22.969	6932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.542	22.469	6781

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.264	524	0.256	9947	X-RAY DIFFRACTION	98.895
1.436-1.476	0.25	456	0.239	9763	X-RAY DIFFRACTION	99.127
1.476-1.518	0.229	466	0.219	9462	X-RAY DIFFRACTION	99.1214
1.518-1.565	0.212	462	0.198	9171	X-RAY DIFFRACTION	99.0947
1.565-1.617	0.213	473	0.19	8917	X-RAY DIFFRACTION	99.0297
1.617-1.673	0.186	435	0.177	8622	X-RAY DIFFRACTION	99.6589
1.673-1.736	0.198	419	0.166	8392	X-RAY DIFFRACTION	99.5706
1.736-1.807	0.189	440	0.168	7992	X-RAY DIFFRACTION	99.5396
1.807-1.888	0.188	411	0.159	7688	X-RAY DIFFRACTION	99.4597
1.888-1.98	0.195	376	0.159	7370	X-RAY DIFFRACTION	99.2695
1.98-2.087	0.181	350	0.155	6985	X-RAY DIFFRACTION	99.1484
2.087-2.213	0.163	363	0.149	6563	X-RAY DIFFRACTION	98.8722
2.213-2.366	0.193	295	0.148	6197	X-RAY DIFFRACTION	98.5578
2.366-2.555	0.172	298	0.143	5768	X-RAY DIFFRACTION	98.3942
2.555-2.799	0.161	287	0.144	5275	X-RAY DIFFRACTION	98.1818
2.799-3.129	0.183	265	0.147	4734	X-RAY DIFFRACTION	97.6558
3.129-3.613	0.147	183	0.146	4210	X-RAY DIFFRACTION	97.449
3.613-4.423	0.148	182	0.133	3586	X-RAY DIFFRACTION	97.8701
4.423-6.248	0.186	130	0.142	2811	X-RAY DIFFRACTION	98.197
6.248-48.53	0.17	68	0.15	1562	X-RAY DIFFRACTION	97.8979

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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