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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r33 | ||||||
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タイトル | Difference-refined structure of fatty acid photodecarboxylase 20 ps following 400-nm laser irradiation of the dark-state determined by SFX | ||||||
![]() | Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Fatty acid decarboxylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() fatty acid photodecarboxylase / choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial inner membrane / lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hadjidemetriou, K. / Coquelle, N. / Barends, T.R.M. / De Zitter, E. / Schlichting, I. / Colletier, J.P. / Weik, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Time-resolved serial femtosecond crystallography on fatty-acid photodecarboxylase: lessons learned. 著者: Hadjidemetriou, K. / Coquelle, N. / Barends, T.R.M. / De Zitter, E. / Schlichting, I. / Colletier, J.P. / Weik, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 64 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7r34C ![]() 7r35C ![]() 7r36C ![]() 6zh7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() 詳細: https://cxidb.org/data/177/FAP_20ps/ and https://cxidb.org/id-177.html |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61116.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-STE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 % |
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結晶化 | 温度: 281.15 K / 手法: batch mode / pH: 5.5 詳細: 19% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 10 mM spermidine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277.15 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 93060 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 461 % / CC star: 0.996 / R split: 0.134 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 236 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6086 / CC star: 0.869 / R split: 0.613 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ZH7 解像度: 2→10 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 38.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.37 Å2 / Biso mean: 34.2289 Å2 / Biso min: 8.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→10 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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