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万見
- PDB-7r2m: SYNJ2BP complex with a synthetic Vangl2 peptide (9mer). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r2m
タイトルSYNJ2BP complex with a synthetic Vangl2 peptide (9mer).
要素
  • Synaptojanin-2-binding protein,Annexin
  • Vangl2 peptide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PDZ domain / Peptide Binding Motif
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase inhibitor activity / negative regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of Notch signaling pathway / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / negative regulation of endothelial cell migration / phosphatidylserine binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / regulation of endocytosis ...phospholipase inhibitor activity / negative regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of Notch signaling pathway / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / negative regulation of endothelial cell migration / phosphatidylserine binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / regulation of endocytosis / basement membrane / protein targeting / Rho protein signal transduction / cytoskeletal protein binding / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / mitochondrial outer membrane / calcium ion binding / mitochondrion / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A2 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A2 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / : / Annexin V; domain 1 / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Annexin / Synaptojanin-2-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Carrasco, K. / Cousido Siah, A. / Gogl, G. / Betzi, S. / McEwen, A. / Kostmann, C. / Trave, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2024
タイトル: PDZome-wide and structural characterization of the PDZ-binding motif of VANGL2.
著者: Montserrat-Gomez, M. / Gogl, G. / Carrasco, K. / Betzi, S. / Durbesson, F. / Cousido-Siah, A. / Kostmann, C. / Essig, D.J. / Stromgaard, K. / Ostergaard, S. / Morelli, X. / Trave, G. / ...著者: Montserrat-Gomez, M. / Gogl, G. / Carrasco, K. / Betzi, S. / Durbesson, F. / Cousido-Siah, A. / Kostmann, C. / Essig, D.J. / Stromgaard, K. / Ostergaard, S. / Morelli, X. / Trave, G. / Vincentelli, R. / Bailly, E. / Borg, J.P.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年9月4日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Synaptojanin-2-binding protein,Annexin
A: Synaptojanin-2-binding protein,Annexin
B: Vangl2 peptide
E: Vangl2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,60718
ポリマ－100,5234
非ポリマー1,08414
水1,44180
1
D: Synaptojanin-2-binding protein,Annexin
E: Vangl2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,00110
ポリマ－50,2622
非ポリマー7398
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21370 Å2
2
A: Synaptojanin-2-binding protein,Annexin
B: Vangl2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6068
ポリマ－50,2622
非ポリマー3456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20900 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.270, 60.710, 143.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 DABE

#1: タンパク質 Synaptojanin-2-binding protein,Annexin / Mitochondrial outer membrane protein 25


分子量: 47774.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNJ2BP, OMP25, ANXA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P57105, UniProt: A0A4W2GEM6
#2: タンパク質・ペプチド Vangl2 peptide


分子量: 2486.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 94分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium formate, 0.1 M HEPES 7.0, 25 % v/v PEG Smear Broad

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.656 Å / Num. obs: 39408 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.277 % / Biso Wilson estimate: 50.54 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.849 / Net I/σ(I): 10.15 / Num. measured all: 286773 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.467.4481.2911.2221807299229280.5731.38797.9
2.46-2.537.3811.0851.521190294228710.6521.16797.6
2.53-2.67.3880.9781.7220791283028140.6931.05299.4
2.6-2.687.3810.8192.1319832274626870.7540.88197.9
2.68-2.777.2750.6582.6619177269426360.8280.70997.8
2.77-2.877.2560.5133.4918647260325700.8870.55298.7
2.87-2.987.2330.414.4117324245923950.9180.44297.4
2.98-3.17.1080.3225.6116455239923150.9430.34896.5
3.1-3.246.9960.2427.115454232622090.9720.26295
3.24-3.396.8610.1829.2514051223020480.9830.19791.8
3.39-3.587.0320.14511.8711314211416090.9880.15776.1
3.58-3.797.4120.11115.7413935198518800.9940.11994.7
3.79-4.067.5630.08719.9314204188518780.9960.09499.6
4.06-4.387.5250.0724.213064174317360.9970.07699.6
4.38-4.87.4690.06524.8512018161616090.9970.0799.6
4.8-5.377.3670.06923.710800146914660.9970.07599.8
5.37-6.27.2610.07521.539417130112970.9970.08199.7
6.2-7.597.1750.06325.068000111911150.9970.06899.6
7.59-10.737.110.03935.9260868648560.9980.04399.1
10.73-47.6566.5580.03637.0532075034890.9990.03997.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JIK

2jik


解像度: 2.4→47.656 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 1969 5 %
Rwork0.2152 37416 -
obs0.2163 39385 96.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.78 Å2 / Biso mean: 67.5008 Å2 / Biso min: 26.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6701 0 47 80 6828
Biso mean--72.47 58.6 -
残基数----846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.460.33961410.3266268298
2.46-2.52650.35331430.2949270698
2.5265-2.60090.28111430.2899271799
2.6009-2.68480.31341400.2888266898
2.6848-2.78080.2961430.2821270198
2.7808-2.89210.28841410.2628269298
2.8921-3.02370.2571420.2565269998
3.0237-3.18310.27051410.237267496
3.1831-3.38240.27961330.2208252192
3.3824-3.64350.2321140.2265217779
3.6435-4.010.19861460.1977277599
4.01-4.58990.20641450.1753275499
4.5899-5.78110.23681470.19572792100
5.7811-47.6560.20041500.1797285899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3171-1.67612.07062.4126-2.56273.23260.1027-0.0409-0.17810.0840.1408-0.0036-0.2237-0.481-0.22430.70830.04340.15980.9460.06310.6047.77919.8976-103.654
21.8760.43230.58811.95021.08891.91560.0427-0.00420.01530.0201-0.24560.46950.0911-0.37870.15990.3342-0.02560.00030.30630.00220.471715.5801-5.4651-72.8471
33.352-2.21-2.92842.12872.00792.5606-0.2035-0.77530.2920.32080.3088-0.0212-0.04510.6558-0.17450.59560.0705-0.11540.7579-0.02010.389532.2643-39.9439-32.8047
42.45450.7006-0.72012.1588-1.23732.42650.0591-0.07920.03420.1746-0.1479-0.3205-0.2090.54180.05260.4338-0.0608-0.00050.4557-0.07620.422718.0709-15.9538-2.0298
55.8586-0.2390.81868.28781.91047.24240.0656-0.19350.69550.2906-0.13060.3126-0.5961-0.35560.07880.87380.00690.02880.857-0.03140.452335.6853-35.1035-42.6186
65.6589-3.37551.72635.92062.02172.9098-0.05960.6402-0.4288-1.62450.11-0.11190.6962-0.107-0.13361.0736-0.07490.09810.95510.16350.5266.606715.4834-113.3411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 6 through 117 )D6 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 118 through 422 )D118 - 422
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 6 through 117 )A6 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 118 through 422 )A118 - 422
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 201 through 206 )B201 - 206
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 202 through 206 )E202 - 206

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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