PDB-7r2c: Crystal structure of TaCel5A Y200F variant in complex with 2-chlo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r2c

タイトル

Crystal structure of TaCel5A Y200F variant in complex with 2-chloro-4-nitrophenyl-glucose

要素

EGI

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / cellulase / GH5_5 family / GH-A clan / (a/b)8 barrel / Thermoascus aurantiacus

機能・相同性

glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase activity / Glycoside hydrolase superfamily / beta-D-glucopyranose / 2-chloranyl-4-nitro-phenol / cellulase

機能・相同性情報

生物種

Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Dutoit, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TaCel5A Y200F variant in complex with 2-chloro-4-nitrophenyl-glucose
著者: Dutoit, R.

履歴

登録	2022年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r2c.cif.gz	158.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r2c.ent.gz	122.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gzjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EGI

B: EGI

ヘテロ分子

68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EGI

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Ta_Cel5A Y200F elutes as a monomer using a Superdex 75 column (V=120 ml)
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EGI

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.000, 84.020, 88.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

EGI / Endoglucanase

分子量: 33713.328 Da / 分子数: 2 / 変異: Y200F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類)
遺伝子: eg1 / プラスミド: pET30b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TG26, cellulase

#2: 化合物

ChemComp-P9P / 2-chloranyl-4-nitro-phenol

分子量: 173.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄ClNO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Reservoir solution: 0.1M Tris pH6.5, 1.6M ammonium sulfate Drop: 2 ul of protein solution, 2 ul of reservoir solution, 0.2 ul of microseeds Protein solution: 465 uM enzyme, 5 mM 2-chloro-4-nitrophenyl-cellotriose

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→44.46 Å / Num. obs: 94541 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.363 % / B_iso Wilson estimate: 17.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.891 / Net I/σ(I): 14.93 / Num. measured all: 1263352

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.48-1.52	11.539	1.257	1.68	77057	6926	6678	0.77	1.315	96.4
1.52-1.56	13.325	0.994	2.45	90289	6776	6776	0.893	1.034	100
1.56-1.61	13.148	0.775	3.13	86333	6567	6566	0.93	0.807	100
1.61-1.66	13.946	0.614	4.16	88964	6379	6379	0.95	0.638	100
1.66-1.71	13.92	0.511	5.05	86694	6229	6228	0.966	0.531	100
1.71-1.77	13.825	0.39	6.5	83077	6010	6009	0.978	0.405	100
1.77-1.84	13.717	0.317	8.14	79191	5773	5773	0.983	0.33	100
1.84-1.91	13.526	0.254	10.08	75896	5611	5611	0.988	0.264	100
1.91-2	13.11	0.192	13	70284	5361	5361	0.992	0.2	100
2-2.1	12.874	0.155	15.94	66017	5128	5128	0.994	0.161	100
2.1-2.21	13.089	0.13	19.15	64162	4902	4902	0.996	0.135	100
2.21-2.34	13.841	0.116	21.92	63944	4620	4620	0.996	0.121	100
2.34-2.51	14.266	0.099	25.28	62255	4364	4364	0.997	0.103	100
2.51-2.71	14.074	0.088	28.09	57704	4100	4100	0.997	0.092	100
2.71-2.97	13.807	0.078	31.42	51874	3757	3757	0.998	0.081	100
2.97-3.32	13.361	0.065	34.85	45736	3423	3423	0.998	0.068	100
3.32-3.83	12.377	0.058	37.43	37639	3041	3041	0.998	0.06	100
3.83-4.69	12.763	0.051	41.1	33146	2597	2597	0.999	0.053	100
4.69-6.63	13.88	0.051	41.49	28219	2033	2033	0.999	0.053	100
6.63-44.46	12.444	0.047	40.15	14871	1200	1195	0.998	0.049	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.58 Å	47.61 Å
Translation	3.58 Å	47.61 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20210323	データ削減
XSCALE	20210323	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GZJ

1gzj

解像度: 1.48→44.46 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	4722	5 %
R_work	0.1652	89774	-
obs	0.1663	94496	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.27 Å² / B_iso mean: 20.8616 Å² / B_iso min: 10.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.48→44.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4754	0	79	858	5691
B_iso mean	-	-	28.45	31.85	-
残基数	-	-	-	-	610

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.48-1.5	0.3729	142	0.3955	2736	2878	92
1.5-1.52	0.3203	155	0.3143	2944	3099	100
1.52-1.54	0.3202	156	0.28	2970	3126	100
1.54-1.56	0.3075	155	0.2666	2939	3094	100
1.56-1.58	0.2986	157	0.2367	2973	3130	100
1.58-1.6	0.2762	157	0.222	2979	3136	100
1.6-1.62	0.2379	156	0.2008	2969	3125	100
1.62-1.64	0.2472	156	0.1945	2969	3125	100
1.64-1.67	0.22	156	0.1876	2973	3129	100
1.67-1.7	0.2355	156	0.1878	2971	3127	100
1.7-1.73	0.2174	158	0.1899	2985	3143	100
1.73-1.76	0.2345	156	0.1944	2974	3130	100
1.76-1.79	0.2368	155	0.1972	2965	3120	100
1.79-1.83	0.2514	159	0.1986	3015	3174	100
1.83-1.87	0.1796	155	0.1772	2954	3109	100
1.87-1.91	0.2223	158	0.1719	2998	3156	100
1.91-1.96	0.189	156	0.1719	2964	3120	100
1.96-2.01	0.2141	157	0.1609	2984	3141	100
2.01-2.07	0.179	158	0.1579	3007	3165	100
2.07-2.14	0.1906	157	0.1572	2987	3144	100
2.14-2.22	0.1929	159	0.1591	3011	3170	100
2.22-2.3	0.1741	157	0.1583	2989	3146	100
2.3-2.41	0.1776	160	0.1553	3035	3195	100
2.41-2.54	0.1751	158	0.1616	3013	3171	100
2.54-2.69	0.1722	159	0.1592	3008	3167	100
2.69-2.9	0.1877	159	0.1611	3025	3184	100
2.9-3.19	0.1745	160	0.1592	3044	3204	100
3.19-3.66	0.155	162	0.1467	3080	3242	100
3.66-4.61	0.1392	162	0.1261	3076	3238	100
4.61-44.46	0.1553	171	0.1509	3237	3408	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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