ソフトウェア 名称 バージョン 分類 XDS20210323 データ削減 XSCALE20210323 データスケーリング PHASER2.8.3位相決定 PHENIX1.19.2精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1GZJ解像度 : 1.3→47.78 Å / SU ML : 0.13 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1.36 / 位相誤差 : 17.23 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.1668 6977 5 % Rwork 0.1527 132527 - obs 0.1534 139504 99 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 57.14 Å2 / Biso mean : 20.3409 Å2 / Biso min : 10.28 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.3→47.78 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4754 0 56 892 5702 Biso mean - - 30.05 32.12 - 残基数 - - - - 610
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 30
大きな表を表示 (7 x 30) 大きな表を隠す 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)1.3-1.32 0.3504 166 0.3355 3149 3315 72 1.32-1.33 0.2937 232 0.2736 4401 4633 100 1.33-1.35 0.2478 233 0.267 4427 4660 100 1.35-1.37 0.259 233 0.241 4417 4650 100 1.37-1.38 0.2731 232 0.2362 4406 4638 100 1.38-1.4 0.2346 231 0.2226 4370 4601 100 1.4-1.42 0.2376 233 0.2163 4426 4659 100 1.42-1.44 0.2337 232 0.2075 4429 4661 100 1.44-1.47 0.2304 234 0.2018 4444 4678 100 1.47-1.49 0.1998 233 0.1942 4434 4667 100 1.49-1.52 0.197 233 0.1676 4419 4652 100 1.52-1.54 0.1881 232 0.1519 4411 4643 100 1.54-1.57 0.169 233 0.1446 4413 4646 100 1.57-1.61 0.1568 234 0.1417 4459 4693 100 1.61-1.64 0.1568 234 0.1359 4435 4669 100 1.64-1.68 0.1558 233 0.1412 4436 4669 100 1.68-1.72 0.1754 235 0.1432 4459 4694 100 1.72-1.77 0.1774 233 0.1423 4420 4653 100 1.77-1.82 0.1669 234 0.1515 4445 4679 100 1.82-1.88 0.1662 235 0.1535 4459 4694 100 1.88-1.95 0.1925 234 0.1664 4459 4693 100 1.95-2.02 0.1815 236 0.1536 4474 4710 100 2.02-2.12 0.1593 235 0.1452 4468 4703 100 2.12-2.23 0.169 236 0.1449 4486 4722 100 2.23-2.37 0.153 236 0.1465 4481 4717 100 2.37-2.55 0.1445 237 0.1504 4509 4746 100 2.55-2.81 0.1567 237 0.1444 4499 4736 100 2.81-3.21 0.1699 239 0.1501 4544 4783 100 3.21-4.05 0.1414 242 0.1339 4597 4839 100 4.05-47.78 0.142 250 0.1352 4751 5001 100
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 10) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.076 -0.6532 -0.4523 1.4471 0.0502 1.9218 -0.0067 0.0263 -0.1301 0.0438 -0.0115 -0.0466 0.2363 0.0707 0.0435 0.1517 -0.0068 -0.0387 0.1137 -0.002 0.1552 5.4722 16.1712 9.8274 2 0.9062 -0.0424 -0.0586 1.1822 -0.3882 1.4295 0.0693 0.1559 -0.1449 -0.1871 -0.0562 0.0276 0.2325 0.0611 -0.0098 0.1701 0.0173 -0.0234 0.154 -0.0408 0.1587 7.3722 16.8469 -0.539 3 0.6278 -0.0298 0.0932 0.4393 -0.2379 0.7135 0.0029 -0.0015 -0.0228 0.0253 0.018 -0.0066 0.0109 -0.0099 -0.0205 0.1193 -0.0046 -0.0052 0.1166 -0.0045 0.1396 6.1887 26.0643 15.6154 4 1.1609 0.0039 -0.5144 0.9989 -0.1759 1.8074 -0.026 0.0734 -0.2693 -0.1717 -0.0011 0.1022 0.3249 -0.1066 0.0388 0.2325 -0.0196 -0.0432 0.1277 0.0034 0.2478 1.9094 5.3488 14.7707 5 1.4152 0.3173 -0.5595 1.7584 -0.0927 2.2025 -0.0979 0.1038 -0.1298 -0.0646 0.0385 -0.0672 0.3662 0.2091 0.0299 0.1532 0.0298 -0.0102 0.2006 -0.0125 0.1235 37.805 19.0498 34.232 6 1.7453 -0.097 -0.2403 1.2445 0.2868 1.6516 0.0007 -0.0635 -0.1771 0.12 0.0027 -0.0417 0.522 0.2823 0.0113 0.2379 0.069 -0.0135 0.1786 0.0018 0.1311 38.0813 14.6004 41.3138 7 0.3427 0.1604 0.0892 0.7128 -0.0992 1.5028 0.0058 -0.0351 -0.0377 0.0109 -0.0007 -0.0116 0.1637 0.0383 -0.0045 0.1305 -0.0009 0.0007 0.154 0.006 0.1326 29.8757 24.2825 44.1469 8 0.3968 0.0153 -0.0049 0.6534 0.2403 1.3351 -0.0274 0.02 0.0276 -0.0443 0.026 0.0045 -0.061 0.0911 -0.0004 0.118 -0.0055 -0.0018 0.1334 -0.0003 0.1382 31.7898 33.8104 33.966 9 0.4538 -0.3748 -0.0591 0.9684 0.1969 1.4426 0.0013 0.046 -0.0575 -0.155 -0.0156 0.0242 0.1025 0.1659 0.0153 0.1849 0.0092 0.0217 0.168 -0.0058 0.1363 35.3184 23.2833 18.1931 10 0.2667 -0.0234 0.091 0.7374 0.4008 1.2542 -0.0098 -0.0113 -0.0927 0.0341 0.0226 -0.1588 0.4978 0.483 -0.0022 0.2616 0.0975 0.0135 0.2285 -0.0117 0.16 42.1646 14.5596 24.9398
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 1 through 20 )A1 - 20 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 21 through 84 )A21 - 84 3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resid 85 through 277 )A85 - 277 4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'A' and (resid 278 through 305 )A278 - 305 5 X-RAY DIFFRACTION 5 chain 'B' and (resid 1 through 20 )B1 - 20 6 X-RAY DIFFRACTION 6 chain 'B' and (resid 21 through 52 )B21 - 52 7 X-RAY DIFFRACTION 7 chain 'B' and (resid 53 through 105 )B53 - 105 8 X-RAY DIFFRACTION 8 chain 'B' and (resid 106 through 200 )B106 - 200 9 X-RAY DIFFRACTION 9 chain 'B' and (resid 201 through 246 )B201 - 246 10 X-RAY DIFFRACTION 10 chain 'B' and (resid 247 through 305 )B247 - 305