PDB-7r1x: human Carbonic Anhydrase II in complex with 4-oxo-N-(4-sulfamoylp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r1x

タイトル

human Carbonic Anhydrase II in complex with 4-oxo-N-(4-sulfamoylphenethyl)-1,3,4,6,7,11b-hexahydro-2H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carbothioamide

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / sulfonamide / human carbonic anhydrase II / inhibitor / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2022
タイトル: Development of Praziquantel sulphonamide derivatives as antischistosomal drugs.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Carta, F. / Haberli, C. / Keiser, J. / Costantino, G. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r1x.cif.gz	76.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r1x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r1x_validation.pdf.gz	690.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r1x_full_validation.pdf.gz	691.9 KB	表示
XML形式データ	7r1x_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	7r1x_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/7r1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qzxC 7ywtC 7yzhC 4fikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.490, 41.680, 72.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.513, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-HFF / 4-oxo-N-(4-sulfamoylphenethyl)-1,3,4,6,7,11b-hexahydro-2H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carbothioamide / (11b-R)-4-oxidanylidene-N-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]-3,6,7,11b-tetrahydro-1H-pyrazino[2,1-a]isoquinoline-2-carbothioamide 分子量: 444.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₄O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→41.17 Å / Num. obs: 53135 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.83 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.35→1.38 Å / 冗長度: 3.46 % / R_merge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 3257 / CC_1/2: 0.721 / R_rim(I) all: 0.663 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.35→41.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.797 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1763	2592	4.878 %
R_work	0.1572	50543	-
all	0.158	-	-
obs	-	53135	97.894 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.188 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.276 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	0.045 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.167 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→41.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2054	0	37	229	2320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.881	1.633	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.465	1.604	4607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.144	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.354	23.645	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.201	15	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.608	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.199	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.059	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.275	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.671	1.455	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.661	1.448	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.522	2.182	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.52	2.182	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.956	1.75	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.955	1.749	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.38	2.502	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.379	2.502	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.397	18.103	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.292	17.669	2347

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.382	0.255	178	0.255	3077	X-RAY DIFFRACTION	81.5994
1.382-1.419	0.215	150	0.215	3441	X-RAY DIFFRACTION	92.1715
1.419-1.461	0.195	171	0.186	3557	X-RAY DIFFRACTION	99.1226
1.461-1.506	0.194	191	0.171	3478	X-RAY DIFFRACTION	99.9455
1.506-1.555	0.18	131	0.16	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.555-1.609	0.181	148	0.145	3308	X-RAY DIFFRACTION	99.654
1.609-1.67	0.169	185	0.151	3137	X-RAY DIFFRACTION	99.9699
1.67-1.738	0.17	179	0.146	3013	X-RAY DIFFRACTION	99.9374
1.738-1.816	0.176	146	0.147	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.9675
1.816-1.904	0.184	147	0.153	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.7275
1.904-2.007	0.184	162	0.15	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.858
2.007-2.129	0.184	117	0.15	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.7752
2.129-2.275	0.175	151	0.153	2313	X-RAY DIFFRACTION	99.9189
2.275-2.458	0.176	107	0.147	2233	X-RAY DIFFRACTION	99.9146
2.458-2.692	0.169	91	0.156	2058	X-RAY DIFFRACTION	99.8606
2.692-3.009	0.151	84	0.151	1856	X-RAY DIFFRACTION	99.9485
3.009-3.473	0.164	105	0.155	1619	X-RAY DIFFRACTION	99.7108
3.473-4.251	0.177	64	0.144	1412	X-RAY DIFFRACTION	99.5951
4.251-6.001	0.161	47	0.158	1085	X-RAY DIFFRACTION	99.2982
6.001-41.17	0.184	38	0.182	609	X-RAY DIFFRACTION	98.7786

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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